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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 进化树
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 进化树

要画进化树，有两个问题请教：
1.在NCBI上下载了一些序列，请问如何快速判断这些序列的正反向？
2.用Clustal X比对后，不同长度的序列需要进行裁剪吗？如果需要，应该怎么操作？
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1楼 2012-10-02 13:34:43
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-10-02 17:01:01
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-02 21:38:43
1,把所有序列设成同一方向即可。
2，需要删除多余部分。把多余部分在MEGA中选中，DELET即可。
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2楼2012-10-02 14:30:15
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2012-10-02 14:30:15
1,把所有序列设成同一方向即可。
2，需要删除多余部分。把多余部分在MEGA中选中，DELET即可。

非常感谢！可是“把所有序列设成同一方向”是什么意思？
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3楼2012-10-02 17:01:58
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qiuqu_200212

至尊木虫 (知名作家)

无助又无奈

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+1 2012-10-03 10:23:10
如果长短差异太大，建议剪切一下，然后用不同的软件采用不同的方法构建。
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无奈又无助的天鹅，孤零零
4楼2012-10-02 20:05:25
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
mahoumeimei: 金币+2 2012-10-03 10:23:26
引用回帖:
3楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-10-02 17:01:58
非常感谢！可是“把所有序列设成同一方向”是什么意思？...

你下载的序列都是5‘到3’方向的哈
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5楼2012-10-02 22:38:36
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cloudwin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+2 2012-10-03 10:23:38
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-28 17:36:32
1，序列一般都是5-》3方向，你的与这个方向同向即可。
2，前后有出入可以不管。
赞一下 回复此楼
6楼2012-10-03 08:51:17
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by chenguestc at 2012-10-02 22:38:36
你下载的序列都是5‘到3’方向的哈...

就是说，NCBI上的序列基本都是5’-3’的？那我如果要上传序列，也要把我的序列都设成5‘-3’的再上传吗？
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7楼2012-10-03 10:25:17
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cloudwin at 2012-10-03 08:51:17
1，序列一般都是5-》3方向，你的与这个方向同向即可。
2，前后有出入可以不管。

有的说要剪切，有的又说可以不管。到底应该怎么做啊？能说明一下为什么可以不管吗？
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8楼2012-10-03 10:26:16
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-28 17:36:43
引用回帖:
7楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-10-03 10:25:17
就是说，NCBI上的序列基本都是5’-3’的？那我如果要上传序列，也要把我的序列都设成5‘-3’的再上传吗？...

其实没关系。你把你所有序列弄成一致方向不就行了嘛。
其他人如果跟你的序列比对，他们会自己调整方向。你无须考虑这么多，现在只要你所有的序列可比就行了。
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9楼2012-10-03 12:32:57
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wangqi20092

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不需要裁剪的，你看文献上都没有裁切的。另外从NCBI上下载的序列默认的顺序就是5‘-3’的。
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10楼2012-10-04 11:45:38
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