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lindlar0078

木虫 (著名写手)

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专业: 无机材料化学

[求助] 单机上（双CPU），Materials Studio 6.0 单核可以计算，但是无法并行计算，啥问题呀

前两天已经成功安装了Materials Studio 6.0，但是不小心系统崩溃，重新安装系统及编译器后就发现，无法并行计算，但是单核可以计算，一直未找到问题所在，请问如何解决？（把openmpi-1.6.2从换为低版本openmpi-1.6.1也不行）
下面是详细安装过程：
一、安装的系统为 SUSE Linux Enterprise Server 11 SP2
   [root]$ zypper install gcc-c++ （解决c++安装时无g++问题）
二、安装最新Intel的C++和Fortran编译器
1、c++安装(默认安装在/opt/下)
[root]$  tar -zxvf *****
               ./install.sh (后面按照提示即可，后面与Fortran一起设置环境变量)
2、Fortran安装(默认安装在/opt/下)
   [root]$  tar -zxvf *****
               ./install.sh
3、环境变量设置
[root]$ vi /etc/profile
         source /opt/intel/bin/iccvars.sh intel64
         source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64
         export MKL_HDME=/opt/intel/mkl
         export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/lib/intel64
   [root]$ source /etc/profile
三、安装openmpi-1.6.2（先安装为openmpi-1.6.2，后来改为openmpi-1.6.1）
   [root]$  tar -zxvf ******
   [root]$  ./configure --prefix=/opt/openmpi CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
   [root]$  make all
   [root]$  make install
   [root]$  make clean
   [root]$  vi /etc/profile
         export PATH=/opt/openmpi-1.6.1/bin/:$PATH
         export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi-1.6.1/lib
   [root]$  source /etc/profile

四、安装Materials Studio 6.0
   安装补丁: glibc-2.11.1-0.17.4 (32-bit and 64-bit)，libstdc++33-32bit-3.3.3-11.9
   1、在msi用户下安装
   [msi]$ ./Install
   2、导入证书 msi.lic
         将msi.lic 复制到 /home/msi/opt/Accelrys/LicensePack/Licenses
3、启动网关
进入/home/msi/opt/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Gateway，执行
   ./msgateway_control_18888 restart
   将Gateway注册为自动启动服务，可执行下面的命令：在root下
cp  /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/init.d/msgateway_control_18888
   chkconfig --add msgateway_control_18888

4、设置环境变量
[msi]$  vi ~/.bashrc
   export MS_INSTALL_ROOT=/home/msi/opt/Accelrys/MaterialsStudio6.0
   export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3
   export DMOL_TMP=~/scratch
   export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/msi/opt/Accelrys/LicensePack/linux/lib/
   export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib
   export TMPDIR=$DMOL_TMP
   export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin
         . /home/msi/opt/Accelrys/LicensePack/etc/lp_profile
   eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh
         $MS_INSTALL_ROOT/ -s sh`
   [msi]$  source ~/.bashrc


经过测试，在工作目录下[msi]$ RunCASTEP.sh filename正常，但是RunCASTEP.sh -np -12 filename 无法运行

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