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在水中溶解Ca Zn离子
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由于是新手，刚刚接触system set up，现在被几个奇怪的问题困扰着： 我要在一个水箱中放入几个特定坐标的Zn Ca离子，坐标已经在pdb文件中有了，但是在用psfgen的时候report说cannot recognize ZN CA。当我打开topology file的时候发现里面已经有ZNatom申明了并且和我pdb文件中的相同。这是为什么啊？ here is my script, package require psfgen topology top_all27_prot_lipid.inp segment B {pdb MTL.pdb} coordpdb MTL.pdb B writepdb MTL.pdb writepsf MTL.psf package require solvate solvate MTL.psf MTL.pdb -t 15 -o MTL_box package require autoionize autoionize -psf MTL_box.psf -pdb MTL_box.pdb -sc 0.1 –o MTL_ionized Need ur help please! |
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2楼2012-09-27 23:27:10