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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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飞鱼飞鱼

金虫 (初入文坛)

[求助] amber硫酯键不识别

各位大侠,因为我的蛋白中包括一个硫酯键,形成硫酯键的氨基酸分别位于两条链上,一个是链的C末端,一个位于链中间,在导入amber中,总是会把两个氨基酸当做是残基一样,分别补齐,很恼火。
开始以为是原子类型的原因,改了一下还是不行,后来考虑是没有参数,这个没有参数的话,那就要重新定义了,但是如何定义也是个问题,特意请教一下大神们,这个肿么办啊?
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心出发

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-06 14:49:11
飞鱼飞鱼: 金币+30, ★★★很有帮助, 已解决,谢谢 2012-10-08 14:47:20
1. 检查链和两端是否设置正确 不要让软件自动生成 要手动设置好
2. 没有参数用antechamber计算产生
2楼2012-10-06 13:17:32
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xiaoyouzhi

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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飞鱼飞鱼: 金币+70, 送你了 2012-10-22 16:15:41
,我来帮你收拾你剩余的金币
3楼2012-10-22 15:30:16
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