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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 真菌18S，28S，ITS区段。
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匿名

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1楼 2012-09-17 15:10:22
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

江南流觞

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个得看情况，我们实验室在金斯瑞测序鉴定的话就有不同的结果，28S,ITS都有，我们是拿来就用的。至于你的情况的话，你可以去看看与你课题相关的文献，指不定有点思路。祝福你了！
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周游1166
为了未来奋斗吧
2楼2012-09-17 16:07:21
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普通回帖

匿名

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3楼2012-09-17 16:49:46
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江南流觞

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 周游1166 at 2012-09-17 16:49:46
那就是说，不能依靠序列来鉴定哇？...

也不是，各种菌的鉴定序列或许不一样，具体参照标准的话我也不是很清楚，在等高手回复吧。
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为了未来奋斗吧
4楼2012-09-17 18:23:06
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biofuture

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
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rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-11-07 21:46:28
综合来看吧 个人绝得， 18S ITS 都式marker 他们都有自己的数据库， 你测得的序列和相关的数据库比对就可以得到这些序列的代表信息， 既然你都做了，这些maker的信息自然都有用处啦， 可能有些不一样是很正常的
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年轻人就应该奋斗
5楼2012-09-17 19:27:25
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不应该按照序列来鉴定的。
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蓝精灵
6楼2012-09-17 19:52:52
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匿名

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7楼2012-09-17 21:23:19
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匿名

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8楼2012-09-17 21:23:53
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wenwen4599

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 周游1166 at 2012-09-17 21:23:19
那问题是，有几篇文章他们是把真菌的18S与28S的序列连在一起搞一个发育树，这个是怎么办到的呢？...

18S和28S分别比对，用一些剪切软件，比如gblock，将简约信息位点剪下后，将得到的两个数据集进行连接。貌似是用paup评估两部分的一致性，如果一致性好的话就可以直接用这个合并的数据集构树了。
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9楼2012-11-07 15:46:01
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wenwen4599

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-11-07 21:46:35
18S和28S分别比对，用一些剪切软件，比如gblock，将简约信息位点剪下后，将得到的两个数据集进行连接。貌似是用paup评估两部分的一致性，如果一致性好的话就可以直接用这个合并的数据集构树了。
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10楼2012-11-07 15:46:52
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