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xiaohaiyu

金虫 (正式写手)

[求助] SSR 条带

做SSR时,不出带的原因是什么?同时做了几对引物,别的引物都有清晰的条带,只有两对引物一点条带的迹象都没有,引物都是在同一家公司同一批次合成的,用别的公司合成的,也是做不出带,丙烯酰胺胶也没有问题,marker很清楚,同一块胶点的其他引物条带也很清楚,扩增程序是数据库里提供的,所有的引物都是这样扩增的,就是这两对不出带。其他的体系的试剂都是一样的。
实在是不知道是怎么回事,更改退火温度,做了3、4次都是没有带。
大家的都有什么经验,给个帮助,谢谢啦!
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-09-12 16:05:18
xiaohaiyu: 金币+1, 有帮助, 但是这两对引物以前做的时候有带呢,并且还挺好的。 2012-09-13 15:53:50
这个没有什么经验不经验,不出来就是不出来,没有什么问题,这两对引物不用了就是!SSR是在很多引物你面筛选的,并不是所有的引物都能扩出来东西!
个人认为这样的引物所扩的重复片段在你的群体里面根本就没有。另外设计这引物时只是找的同源的物种序列设的并不是本种物种,扩不出来也正常!
低调稳重务实内敛---------------残
2楼2012-09-12 12:39:09
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