| 查看: 955 | 回复: 1 | ||
zhouzhiguang金虫 (小有名气)
|
[求助]
DS中：小分子和蛋白质中的金属离子如何用QM/MM的方法进行对接，进行分子动力学模拟？
|
 老板说让我用DS中的QM/MM的方法先将小分子和蛋白质中的金属酶进行对接，再通过QM/MM的方法对对接好的pose进行分子动力学计算?这个要怎么操作的?等待高手的出现。万分感激。 |
回复此楼» 猜你喜欢
26博士申请
已经有3人回复
-
268求调剂
已经有3人回复
-
302求调剂
已经有5人回复
-
311求调剂
已经有10人回复
-
被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了
已经有4人回复
-
303求调剂
已经有5人回复
-
考研求调剂
已经有4人回复
-
085601专硕，总分342求调剂，地区不限
已经有4人回复
-
085601材料工程专硕求调剂
已经有5人回复
-
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8272.5
- 散金: 58
- 红花: 4
- 帖子: 368
- 在线: 254.3小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhouzhiguang: 金币+5, ★★★很有帮助, 我要向你学习。 2012-09-16 00:01:42
chaizhm: 金币+4, 谢谢~ 2012-09-17 09:23:23
zhouzhiguang: 金币+5, ★★★很有帮助, 我要向你学习。 2012-09-16 00:01:42
chaizhm: 金币+4, 谢谢~ 2012-09-17 09:23:23
| 首先说明个问题。对接计算在DS中分为LibDock，FlexibleDock以及CDOCKER等。不存在楼主说的QM/MM计算方法的对接吧。QM/MM只是优化计算方式的一种。通过DS自带的对接程序对接得到的poses,然后选择合理的进行你想要的接下来的操作。新版DS中（好像是3.0以上的版本）应该有个QM/MMMD模块，专门用来做楼主所说的分子动力学计算的。可以参照DS里面自带的教程进行操作。 |
2楼2012-09-14 20:31:32
