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zhouzhiguang金虫 (小有名气)
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[求助]
DS中：小分子和蛋白质中的金属离子如何用QM/MM的方法进行对接，进行分子动力学模拟？
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 老板说让我用DS中的QM/MM的方法先将小分子和蛋白质中的金属酶进行对接，再通过QM/MM的方法对对接好的pose进行分子动力学计算?这个要怎么操作的?等待高手的出现。万分感激。 |
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wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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zhouzhiguang: 金币+5, ★★★很有帮助, 我要向你学习。 2012-09-16 00:01:42
chaizhm: 金币+4, 谢谢~ 2012-09-17 09:23:23
zhouzhiguang: 金币+5, ★★★很有帮助, 我要向你学习。 2012-09-16 00:01:42
chaizhm: 金币+4, 谢谢~ 2012-09-17 09:23:23
| 首先说明个问题。对接计算在DS中分为LibDock，FlexibleDock以及CDOCKER等。不存在楼主说的QM/MM计算方法的对接吧。QM/MM只是优化计算方式的一种。通过DS自带的对接程序对接得到的poses,然后选择合理的进行你想要的接下来的操作。新版DS中（好像是3.0以上的版本）应该有个QM/MMMD模块，专门用来做楼主所说的分子动力学计算的。可以参照DS里面自带的教程进行操作。 |
2楼2012-09-14 20:31:32