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剑雪封侯

新虫 (小有名气)

[求助] 建模问题

我在MS里建了碳纳米管模型 一个石墨模型 有谁知道 怎么按自己的意愿将两者放在一个模型图里啊？
谢谢
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1楼 2012-09-07 15:31:12
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-07 22:02:40
在MS中既然能建模型，肯定也能把两个模型合并，建议多读读手册吧。MS也很强大的。

推荐你学习一下VMD,我知道在VMD中建立的碳纳米管和石墨烯模型可以合并，使用 Merge Structures 插件就可以。
或者使用tcl脚本 combine.tcl  就可以。

“按自己的意愿将两者放在一个模型图里”就很容易了，你把两个模型合并到一起之后，可以随便调节彼此的相对位置

平移的话使用 moveby 命令
旋转的话使用  move [trans center { A B C } axis x S ]     命令，即在(A,B,C)处沿x 轴转S度角
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2楼2012-09-07 21:02:52
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剑雪封侯

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-07 21:02:52
在MS中既然能建模型，肯定也能把两个模型合并，建议多读读手册吧。MS也很强大的。

推荐你学习一下VMD,我知道在VMD中建立的碳纳米管和石墨烯模型可以合并，使用 Merge Structures 插件就可以。
或者使用tcl脚本  ...

非常感谢，你知道MS里是在呢么操作的么？我看了MS的手册，叶问了一些人，度不是很清楚。
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3楼2012-09-08 10:31:57
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此在与世界

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 剑雪封侯 at 2012-09-08 10:31:57
非常感谢，你知道MS里是在呢么操作的么？我看了MS的手册，叶问了一些人，度不是很清楚。...

楼主如果实在不会，不妨用笨办法，手动合并也可以。
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4楼2012-09-09 07:36:21
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剑雪封侯

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 此在与世界 at 2012-09-09 07:36:21
楼主如果实在不会，不妨用笨办法，手动合并也可以。...

其实我只是想得到那他们的相对坐标的信息，好转化为lammps的data文件，你说的手动合并 我不知道怎么操作 求详解。
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5楼2012-09-09 08:28:42
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此在与世界

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-09 09:17:50
引用回帖:
5楼: Originally posted by 剑雪封侯 at 2012-09-09 08:28:42
其实我只是想得到那他们的相对坐标的信息，好转化为lammps的data文件，你说的手动合并 我不知道怎么操作 求详解。...

我以前常常都是先导出pdb文件，然后用gromacs转化为gro文件，再用gromacs命令进行平移旋转操作，然后手动合并gro文件，最后用自己写的程序转成data文件。
这样做主要是我对vmd和ms里面的操作还不是很了解，如果会其他的简便方法当然更好了。
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6楼2012-09-09 08:51:56
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剑雪封侯

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 此在与世界 at 2012-09-09 08:51:56
我以前常常都是先导出pdb文件，然后用gromacs转化为gro文件，再用gromacs命令进行平移旋转操作，然后手动合并gro文件，最后用自己写的程序转成data文件。
这样做主要是我对vmd和ms里面的操作还不是很了解，如果会 ...

你这个貌似也不简单啊，我在探索探索把。
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7楼2012-09-09 10:01:02
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loudonghua

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-10 15:35:18
其实在VMD里合并更简单一些，你将MS获得PDB文件导入到VMD里，利用moveby，分别将模型移到你需要的位置，导出PDB，手动将两个PDB合成一个PDB
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8楼2012-09-10 09:48:10
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loudonghua

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

其实在VMD里合并更简单一些，你将MS获得PDB文件导入到VMD里，利用moveby，分别将模型移到你需要的位置，导出PDB，手动将两个PDB合成一个PDB，导入到MS里你可以看到结果
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9楼2012-09-10 09:50:18
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