应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 建模问题
91/1返回列表
查看: 900  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

剑雪封侯

新虫 (小有名气)

[求助] 建模问题

我在MS里建了碳纳米管模型 一个石墨模型 有谁知道 怎么按自己的意愿将两者放在一个模型图里啊？
谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2012-09-07 15:31:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-07 22:02:40
在MS中既然能建模型，肯定也能把两个模型合并，建议多读读手册吧。MS也很强大的。

推荐你学习一下VMD,我知道在VMD中建立的碳纳米管和石墨烯模型可以合并，使用 Merge Structures 插件就可以。
或者使用tcl脚本 combine.tcl  就可以。

“按自己的意愿将两者放在一个模型图里”就很容易了，你把两个模型合并到一起之后，可以随便调节彼此的相对位置

平移的话使用 moveby 命令
旋转的话使用  move [trans center { A B C } axis x S ]     命令，即在(A,B,C)处沿x 轴转S度角
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-07 21:02:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

剑雪封侯

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-07 21:02:52
在MS中既然能建模型，肯定也能把两个模型合并，建议多读读手册吧。MS也很强大的。

推荐你学习一下VMD,我知道在VMD中建立的碳纳米管和石墨烯模型可以合并，使用 Merge Structures 插件就可以。
或者使用tcl脚本  ...

非常感谢，你知道MS里是在呢么操作的么？我看了MS的手册，叶问了一些人，度不是很清楚。
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-08 10:31:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

此在与世界

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 剑雪封侯 at 2012-09-08 10:31:57
非常感谢，你知道MS里是在呢么操作的么？我看了MS的手册，叶问了一些人，度不是很清楚。...

楼主如果实在不会，不妨用笨办法，手动合并也可以。
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-09 07:36:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

剑雪封侯

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 此在与世界 at 2012-09-09 07:36:21
楼主如果实在不会，不妨用笨办法，手动合并也可以。...

其实我只是想得到那他们的相对坐标的信息，好转化为lammps的data文件，你说的手动合并 我不知道怎么操作 求详解。
赞一下 回复此楼
5楼2012-09-09 08:28:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

此在与世界

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-09 09:17:50
引用回帖:
5楼: Originally posted by 剑雪封侯 at 2012-09-09 08:28:42
其实我只是想得到那他们的相对坐标的信息，好转化为lammps的data文件，你说的手动合并 我不知道怎么操作 求详解。...

我以前常常都是先导出pdb文件，然后用gromacs转化为gro文件，再用gromacs命令进行平移旋转操作，然后手动合并gro文件，最后用自己写的程序转成data文件。
这样做主要是我对vmd和ms里面的操作还不是很了解，如果会其他的简便方法当然更好了。
赞一下 回复此楼
6楼2012-09-09 08:51:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

剑雪封侯

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 此在与世界 at 2012-09-09 08:51:56
我以前常常都是先导出pdb文件，然后用gromacs转化为gro文件，再用gromacs命令进行平移旋转操作，然后手动合并gro文件，最后用自己写的程序转成data文件。
这样做主要是我对vmd和ms里面的操作还不是很了解，如果会 ...

你这个貌似也不简单啊，我在探索探索把。
赞一下 回复此楼
7楼2012-09-09 10:01:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

loudonghua

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-10 15:35:18
其实在VMD里合并更简单一些，你将MS获得PDB文件导入到VMD里，利用moveby，分别将模型移到你需要的位置，导出PDB，手动将两个PDB合成一个PDB
赞一下 回复此楼
8楼2012-09-10 09:48:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

loudonghua

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

其实在VMD里合并更简单一些，你将MS获得PDB文件导入到VMD里，利用moveby，分别将模型移到你需要的位置，导出PDB，手动将两个PDB合成一个PDB，导入到MS里你可以看到结果
赞一下 回复此楼
9楼2012-09-10 09:50:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 剑雪封侯 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854 考研调剂 招生了！AI 方向 +4 pk3725069 2026-03-19 15/750 2026-03-23 21:57 by star_zxh
[考研] 生物学学硕求调剂 +4 小羊睡着了? 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:42 by hyzs6688
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +5 jhybd 2026-03-23 8/400 2026-03-23 21:32 by jhybd
[考研] 一志愿中国石油大学（华东） 本科齐鲁工业大学 +4 石能伟 2026-03-17 4/200 2026-03-23 17:51 by 17862566385
[考研] 求调剂一志愿武汉理工大学材料工程（085601） +3 WW.' 2026-03-23 5/250 2026-03-23 17:18 by 枫翼ljj
[考研] 315分，诚求调剂，材料与化工085600 +3 13756423260 2026-03-22 3/150 2026-03-22 20:11 by edmund7
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 求调剂 +5 Zhangbod 2026-03-21 7/350 2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 354求调剂 +7 Tyoumou 2026-03-18 10/500 2026-03-22 11:11 by 人来盛
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-20 7/350 2026-03-21 19:05 by 15709483992
[考研] 303求调剂 +5 睿08 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:11 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂 +5 1孙悟空 2026-03-17 6/300 2026-03-19 23:46 by zcl123
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭