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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vesta的bug貌似还不少呢
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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Prettyswan

木虫 (小有名气)

[交流] vesta的bug貌似还不少呢 已有4人参与

同样的结构CONTCAR，用vesta打开是一种

用xcrysden打开则是另一种

在此之前，我曾经用vesta打开MS的.cell文件，结构发生了“畸变”，但是从.cell文件中直接复制晶格基矢和点阵位置坐标做成POSCAR，放到vesta中就是正确的。

[ Last edited by Prettyswan on 2012-9-5 at 17:37 ]
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1楼 2012-09-05 17:34:50
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Prettyswan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by huangll99 at 2012-09-08 11:30:47
vesta确实不支持cartesian坐标...

ms导出的.cell文件
引用回帖:
%BLOCK LATTICE_CART
       2.247406839003566      -1.297540943477315       0.000000000000001
       0.000000000000000       2.595081886954629      -0.000000000000001
       0.000000000000001       0.000000000000002      21.356626463777783
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
Cu  -0.0000000000000002  -0.0000000000000005   0.0000000000000000
Cu   0.0000000000000002   0.0000000000000003   0.2976418805919104
Cu   0.6666666666666667   0.3333333333333337   0.1984279203946069
Cu   0.3333333333333334   0.6666666666666669   0.0992139601973034
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

%BLOCK KPOINTS_LIST
   0.4444444444444444   0.4444444444444444   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.4444444444444444   0.3333333333333334   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.4444444444444444   0.2222222222222222   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.4444444444444444   0.1111111111111112   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.4444444444444444   0.0000000000000000   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.4444444444444444  -0.1111111111111111   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.4444444444444444  -0.2222222222222222   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.4444444444444444  -0.3333333333333333   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.4444444444444444  -0.4444444444444444   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.3333333333333334   0.4444444444444444   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.3333333333333334   0.3333333333333334   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.3333333333333334   0.2222222222222222   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.3333333333333334   0.1111111111111112   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.3333333333333334   0.0000000000000000   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.3333333333333334  -0.1111111111111111   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.3333333333333334  -0.2222222222222222   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.3333333333333334  -0.3333333333333333   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.3333333333333334  -0.4444444444444444   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.2222222222222222   0.4444444444444444   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.2222222222222222   0.3333333333333334   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.2222222222222222   0.2222222222222222   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.2222222222222222   0.1111111111111112   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.2222222222222222   0.0000000000000000   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.2222222222222222  -0.1111111111111111   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.2222222222222222  -0.2222222222222222   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.2222222222222222  -0.3333333333333333   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.2222222222222222  -0.4444444444444444   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.1111111111111112   0.4444444444444444   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.1111111111111112   0.3333333333333334   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.1111111111111112   0.2222222222222222   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.1111111111111112   0.1111111111111112   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.1111111111111112   0.0000000000000000   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.1111111111111112  -0.1111111111111111   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.1111111111111112  -0.2222222222222222   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.1111111111111112  -0.3333333333333333   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.1111111111111112  -0.4444444444444444   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.0000000000000000   0.4444444444444444   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.0000000000000000   0.3333333333333334   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.0000000000000000   0.2222222222222222   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.0000000000000000   0.1111111111111112   0.0000000000000000       0.024691358024691
   0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.0000000000000000       0.012345679012346
%ENDBLOCK KPOINTS_LIST

%BLOCK CELL_CONSTRAINTS
       1       2       3
       4       5       6
%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS

FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS

%BLOCK SPECIES_MASS
      Cu     63.5460014343
%ENDBLOCK SPECIES_MASS

%BLOCK SPECIES_POT
      Cu  Cu_00PBE.usp
%ENDBLOCK SPECIES_POT

%BLOCK SPECIES_LCAO_STATES
      Cu         3
%ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES



从.cell文件做成的poscar
引用回帖:
System = Cu(111)
1.0
       2.247406839003566      -1.297540943477315       0.000000000000001
       0.000000000000000       2.595081886954629      -0.000000000000001
       0.000000000000001       0.000000000000002      21.356626463777783
   Cu
    4
Selective dynamics
Direct
     -0.0000000000000002  -0.0000000000000005   0.0000000000000000 F F F
      0.0000000000000002   0.0000000000000003   0.2976418805919104 T T T
      0.6666666666666667   0.3333333333333337   0.1984279203946069 T T T
      0.3333333333333334   0.6666666666666669   0.0992139601973034 T T T
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11楼2012-09-08 18:33:34
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huangll99

木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
vesta的bug？ 还是楼主的想法有bug?
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2楼2012-09-05 17:44:16
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chenxin1992

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看的角度不一样，VESTA的键不自动显示
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3楼2012-09-05 22:13:09
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Prettyswan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenxin1992 at 2012-09-05 22:13:09
看的角度不一样，VESTA的键不自动显示

这是对Cu（100）面内吸附NH2的结构，我对键长和键角的截图
键角：
键长1：
键长2：
这货还是NH2吗？
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-06 08:47:37
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