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wlg_112木虫 (小有名气)
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[交流]
MOE(Molecular Operating Environment) 合作求助已有8人参与
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我们自己设计并合成了一批抗肿瘤药物，也进行了分子水平的活性筛选，有很好的效果，现在想发表文章，想在其中用MOE进行对接计算，我们也用这个软件计算了一下，也有很好的打分值。问题是我们没有买这个软件，为了发文章再去买也不划算，想找个单位合作一下，给几个学校的老师发了Email都没有回，请大家出个注意。看那个单位有这个软件，给提供一点信息。 我们会把软件提供方的名字挂到作者当中， 我是陕西师范大学化学化工学院的，我的Email: wlg_112@stu.snnu.edu.cn 电话:15829307882 QQ:287138264 谢谢！ [ Last edited by wlg_112 on 2012-9-7 at 15:41 ] |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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我们实验室有ICM和AutoDock。 做docking 模拟现在估计ICM是可信度最高的。 如果有需要可以和我联系。 这里有人做过比较几个相似软件 http://link.springer.com/article ... 0000017496.76572.6f Abstract We have performed a comparative assessment of several programs for flexible molecular docking: DOCK 4.0, FlexX 1.8, AutoDock 3.0, GOLD 1.2 and ICM 2.8. This was accomplished using two different studies: docking experiments on a data set of 37 protein–ligand complexes and screening a library containing 10,037 entries against 11 different proteins. The docking accuracy of the methods was judged based on the corresponding rank-one solutions. We have found that the fraction of molecules docked with acceptable accuracy is 0.47, 0.31, 0.35, 0.52 and 0.93 for, respectively, AutoDock, DOCK, FlexX, GOLD and ICM. Thus ICM provided the highest accuracy in ligand docking against these receptors. The results from the other programs are found to be less accurate and of approximately the same quality. A speed comparison demonstrated that FlexX was the fastest and AutoDock was the slowest among the tested docking programs. The database screening was performed using DOCK, FlexX and ICM. ICM was able to identify the original ligands within the top 1% of the total library in 17 cases. The corresponding number for DOCK and FlexX was 7 and 8, respectively. We have estimated that in virtual database screening, 50% of the potentially active compounds will be found among ≈1.5% of the top scoring solutions found with ICM and among ≈9% of the top scoring solutions produced by DOCK and FlexX. |
10楼2013-04-11 10:57:59
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