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cy5 定参求助
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现在要做cy5的分子动力学模拟，但是不晓得应该怎样定参，特别是应该怎样分配每个原子所带的电荷大小。 cy5算是对称的结构，但是它的键不是对称排列的。分子中的两个氮原子一个带正点一个不带电（结构式上是这样子的）。我用高斯计算的时候得到的结果是电荷对称分布，和结构式的非对称电荷分布不相符。我想问一下定参时候应该用对称分布的电荷还是非对称分布的电荷更好。   638px-Cy3_Cy5_dyes.gif [ Last edited by quavavav on 2012-9-4 at 15:11 ] |
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