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AMBER MMPBSA 计算时建立prmtop文件问题
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急求帮忙 问题一： 我用tleap建立prmtop文件时，检查电荷如下： ligand： Total unperturbed charge: 0.002000 Total perturbed charge: 0.002000 protein： Total unperturbed charge: -20.000000 Total perturbed charge: -20.000000 因此，将ligand和protein combine之后的complex电荷为： Total unperturbed charge: -19.998000 Total perturbed charge: -19.998000 这样，我用addions给complex加Na+中和，tleap只加19个Na+，为什么？ 问题二： 其他体系觉得prmtop文件建立没有问题，但是MMPBSA计算还是出错，过程如下： Reading command-line arguments and input files... Loading and checking parameter files for compatibility... mmpbsa_py_energy found! Using /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy cpptraj found! Using /home/user/amber12/bin/cpptraj Preparing trajectories for simulation... 51 frames were processed by cpptraj for use in calculation. Beginning PB calculations with /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy calculating complex contribution... CalcError: /home/user/amber12/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop complex.prmtop! Exiting. All files have been retained. 这是什么原因呢？还是prmtop文件建立的不对？ |
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