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mengyan142木虫 (小有名气)
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ONIOM 显性溶剂 优化出错
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我用高斯ONIOM方法优化蛋白质，初始结构是跑完动力学的结构，该结构有乙腈溶剂，乙腈的参数是用amber里的resp拟合得来的，ONIOM优化时我把乙腈的参数写在了输入文件里，但是提交作业后，很快就跳出来，如下： Cartesian Forces: Max NaN RMS NaN GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Berny optimization. Internal Forces: Max NaN RMS NaN Search for a local minimum. Step number 2 out of a maximum of 225 All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians) Update second derivatives using D2CorX and points 2 DE= NaN DEPred=-1.68D-01 R= NaN Trust test= NaN RLast= 2.00D-02 DXMaxT set to 5.00D-02 Iteration 1 RMS(Cart)= 0.00000000 RMS(Int)= 0.00000000 H-V products w/o non-bonded: 1 Davidson Disk Diagonalization is being used: MVecIn= 15 MSekIn= 16 NVConv= 1 MConv= 1 WhenSc= 5 IFact= 4 FinIt=F NRoot= 15 Conv= 1.00D-05 MaxIt= 1000000000 Dim= 11148 Max sub= 400 *** WARNING: Number of orthogonal guesses is 9 Iteration 1 internal iteration 1 dimension is 9 而且输出文件里有很多的星号。 我用同样的方法优化正己烷溶剂的就没有问题？ 求指点  |
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