| 查看: 2745 | 回复: 4 | ||||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||||
ChemiAndy木虫 (正式写手)
|
[交流]
安装贴：Ubuntu 12.04(64) 并行编译CPMD3.15.3 已有4人参与
|
|||||
|
最近帮一个朋友在一台HPZ810工作站上的Ubuntu.12.04_64 下使用gcc/gfortran 4.4 + openmpi + atlas/fftw3并行编译CPMD3.15.3 成功。总结如下。 【摘要】首先把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4; 安装atlas/fftw数学库; 安装openmpi; 用“LINUX-x86_64-FEDORA-MPI” 配置Makefile文件，然后编译即可;可以用dev-test-suite来测试可靠度和效率。 一般来说intel 编译器生成的可执行文件效率要高，为什么不用intel ifort编译呢？一是因为在Ubuntu下安装intel compiler+openmpi比较费劲，容易出错；另外一个原因是官方CPMD maillist已经明确说了，测试表明cpmd的执行效率与编译器关系不大，与数学库的关系最大。而atlas库是最佳选择之一。 来源：http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2012-January/005343.html 1. 把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4 为什么要降？请看: http://www.cnblogs.com/tnxk/archive/2012/07/07/2580731.html 如果gcc -v 和gfortran -v显示4.4.x即可。 2. 安装atlas/fftw数学库 看看是不是安装在了/usr/lib/atlas-base/atlas下，ls一下看看。 如果是就好；如果不在这里，看看是否在 /usr/lib64/atlas下，或者其它地方。 记住这个库的位置，待会修改Makefile，你懂的。 3. 安装openmpi 4. 开始编译CPMD 首先到src目录下，然后： 然后修改Makefile，把atlas库的位置添加到其中的LFLAGS中。最后的文件配置部分如下： 其中CPPFLAGS中，-DPARALLEL说明要并行，-DPOINTER8表64位，-D__GNU表要用gcc/gfortran，-DFFT_FFTW表要用FFTW优化的快速傅立叶变换库。 然后开始make。不同机型测试表明上述过程work perfectly. 5. 测试 去官网下载 dev-test-suite.tar.gz 然后解压到任一目录，会生成 个Test_Suite文件夹，然后你在Test_Suite同级目录新建两个文件夹： mkdir COMPILE mkdir SOURCE 然后把编译好的cpmd.x复制到SOURCE文件夹里 然后cd Test_Suite bash CPMD_Test_Suite.sh -WFO -mpicmd "mpirun -np 8" 做并行测试 WFO是Test_Suite下的一个文件夹 你还可以测试GO, BO, CP, VIB, PI 如果bash CPMD_Test_Suite.sh -ALL -mpicmd "mpirun -np 8"就是全部测试 测试会有3种情况： PASSED, FAILED， CRASHED FAILED的话看看 Test_Suite/TS.OUT/Errors.log下，是怎么回事，它一般比较Compare the total energy, final electronic gradients and energy componentsfor a wavefunction optimization using ODIIS with vanderbilt PPS for BLYP functional。比如，总能量的偏差： 因为 1au (Ryd) = 13.6 eV = 313.76 kcal/mol 而1e-6 au ～ 0.0003kcal/mol，所以这种偏差可以忽略不计，这种FAILED也不用太在意。 如果是CRASH的，说明编译的可执行文件不支持某种计算，比如QMMM计算，或者matadynamics，或者编译失败。 ChemiAndy@百度空间：一花一世界 2012 Montreal. [ Last edited by ChemiAndy on 2012-8-28 at 20:25 ] CPMD 3.17.1 新版更新与与ubuntu + gcc4.6 + openmpi并行编译 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6321940 CPMD 4.1并行编译（Ubuntu 14.04/GCC4.6/fftw3） http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2137 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 我学习计算的一些帖子 | 模拟软件安装精华淘 | CP2K |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
cenwanglai» 猜你喜欢
什么时候开奖？
已经有3人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有27人回复
-
为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？
已经有3人回复
-
2027广东省杰青
已经有9人回复
-
朋友圈看到的
已经有5人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有110人回复
-
明天放榜？
已经有5人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有11人回复
-
重要消息，中午系统在维护
已经有10人回复
-
投稿咨询
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- ubuntu12.04用gfortran调用Lapack95函数库出错。
已经有3人回复
- ifort（mpiifort）并行编译siesta
已经有9人回复
- Ubuntu 12.04 下 FFTW 安装
已经有5人回复
- 运行已经编译好的资源：vasp52opt.rar 出现并行不能用的问题！
已经有3人回复
- 新手安装gaussian03，详细步骤及出现错误。
已经有23人回复
- 电脑装一个ubuntu系统做 数值计算？
已经有11人回复
- 三维数组换行输入到文件（intel fortran 编译器）
已经有6人回复
cenwanglai
荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
- 应助: 46 (小学生)
- 贵宾: 8.842
- 金币: 7441.4
- 散金: 9654
- 红花: 119
- 沙发: 23
- 帖子: 5306
- 在线: 1961.4小时
- 虫号: 537452
- 注册: 2008-04-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 仿真模拟
2楼2012-08-29 12:17:30
xufund
至尊木虫 (知名作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 18237.5
- 散金: 20
- 红花: 5
- 帖子: 6734
- 在线: 811.7小时
- 虫号: 311488
- 注册: 2006-12-30
- 专业: 合成药物化学
3楼2012-08-30 06:22:37
hyudlut
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5030.3
- 红花: 1
- 帖子: 770
- 在线: 98.8小时
- 虫号: 1111714
- 注册: 2010-09-30
- 专业: 理论和计算化学
mark下，回头好好仔仔细细研究一下~ 4楼2012-09-06 14:50:16
qphll
金虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 10
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2708.7
- 散金: 2294
- 红花: 8
- 帖子: 554
- 在线: 227.1小时
- 虫号: 89654
- 注册: 2005-08-29
- 性别: GG
- 专业: 碳素材料与超硬材料
5楼2013-03-28 11:36:42
