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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

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[交流] 安装贴：Ubuntu 12.04(64) 并行编译CPMD3.15.3已有4人参与

最近帮一个朋友在一台HPZ810工作站上的Ubuntu.12.04_64 下使用gcc/gfortran 4.4 + openmpi + atlas/fftw3并行编译CPMD3.15.3 成功。总结如下。

【摘要】首先把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4; 安装atlas/fftw数学库; 安装openmpi; 用“LINUX-x86_64-FEDORA-MPI” 配置Makefile文件，然后编译即可;可以用dev-test-suite来测试可靠度和效率。

一般来说intel 编译器生成的可执行文件效率要高，为什么不用intel ifort编译呢？一是因为在Ubuntu下安装intel compiler+openmpi比较费劲，容易出错；另外一个原因是官方CPMD maillist已经明确说了，测试表明cpmd的执行效率与编译器关系不大，与数学库的关系最大。而atlas库是最佳选择之一。
来源：http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2012-January/005343.html

1. 把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4
为什么要降？请看: http://www.cnblogs.com/tnxk/archive/2012/07/07/2580731.html

CODE:

sudo apt-get install build-essential gfortran  

//install gcc/gfortran, but v4.6 is the default as installed.

// then install v4.4

sudo apt-get install gcc-4.4 g++-4.4 g++-4.4-multilib gcc-4.4-multilib  gfortran-4.4 gfortran-4.4-multilib

//and set v4.4 as default (改优先级)

sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.4 100 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.6 50 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.4 100 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.6 50 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/cpp cpp-bin /usr/bin/cpp-4.4 100 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/cpp cpp-bin /usr/bin/cpp-4.6 50

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-4.4 100 

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-4.6 50

如果gcc -v 和gfortran -v显示4.4.x即可。

2. 安装atlas/fftw数学库

CODE:

sudo apt-get install libatlas-base-dev libatlas3gf-base 

看看是不是安装在了/usr/lib/atlas-base/atlas下，ls一下看看。

CODE:

$ ls/usr/lib/atlas-base/atlas

libblas.a   libblas.so.3gf    liblapack.a   liblapack.so.3gf

libblas.so  libblas.so.3gf.0  liblapack.so  liblapack.so.3gf.0

如果是就好；如果不在这里，看看是否在 /usr/lib64/atlas下，或者其它地方。
记住这个库的位置，待会修改Makefile，你懂的。

3. 安装openmpi

CODE:

sudo apt-get install openmpi-common openmpi-bin openmpi-default-dev openmpi-default-bin

4. 开始编译CPMD

首先到src目录下，然后：

CODE:

./mkconfig.sh LINUX-x86_64-FEDORA-MPI > Makefile

然后修改Makefile，把atlas库的位置添加到其中的LFLAGS中。最后的文件配置部分如下：

CODE:

DEST = .

BIN  = .

FFLAGS = -c  -O2 -fcray-pointer

LFLAGS = -L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas -lfftw

CFLAGS = -c -O2 -Wall

CPP = /lib/cpp -P -C -traditional

CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -D__GNU -DFFT_FFTW -DPARALLEL -DMYRINET -DPOINTER8

NOOPT_FLAG =

CC = mpicc

FC = mpif77

LD = mpif77

AR = ar

其中CPPFLAGS中，-DPARALLEL说明要并行，-DPOINTER8表64位，-D__GNU表要用gcc/gfortran，-DFFT_FFTW表要用FFTW优化的快速傅立叶变换库。

然后开始make。不同机型测试表明上述过程work perfectly.

5. 测试

去官网下载 dev-test-suite.tar.gz

然后解压到任一目录，会生成
个Test_Suite文件夹，然后你在Test_Suite同级目录新建两个文件夹：
mkdir COMPILE
mkdir SOURCE
然后把编译好的cpmd.x复制到SOURCE文件夹里
然后cd Test_Suite
bash CPMD_Test_Suite.sh -WFO -mpicmd "mpirun -np 8"
做并行测试
WFO是Test_Suite下的一个文件夹
你还可以测试GO, BO, CP, VIB, PI
如果bash CPMD_Test_Suite.sh -ALL -mpicmd "mpirun -np 8"就是全部测试

测试会有3种情况： PASSED, FAILED， CRASHED

FAILED的话看看 Test_Suite/TS.OUT/Errors.log下，是怎么回事，它一般比较Compare the total energy, final electronic gradients and energy componentsfor a wavefunction optimization using ODIIS with vanderbilt PPS for BLYP functional。比如，总能量的偏差：

CODE:

mean difference (stddev)         :   1.1900e-06 (  1.1900e-06)

mean relative difference (stddev):   1.5064e-07 (  1.5064e-07)

因为 1au (Ryd) = 13.6 eV = 313.76 kcal/mol
而1e-6 au ～ 0.0003kcal/mol，所以这种偏差可以忽略不计，这种FAILED也不用太在意。

如果是CRASH的，说明编译的可执行文件不支持某种计算，比如QMMM计算，或者matadynamics，或者编译失败。

ChemiAndy@百度空间：一花一世界 2012 Montreal.

[ Last edited by ChemiAndy on 2012-8-28 at 20:25 ]

CPMD 3.17.1 新版更新与与ubuntu + gcc4.6 + openmpi并行编译
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6321940

CPMD 4.1并行编译（Ubuntu 14.04/GCC4.6/fftw3）
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2137

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