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ChemiAndy木虫 (正式写手)
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安装贴：Ubuntu 12.04(64) 并行编译CPMD3.15.3 已有4人参与
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最近帮一个朋友在一台HPZ810工作站上的Ubuntu.12.04_64 下使用gcc/gfortran 4.4 + openmpi + atlas/fftw3并行编译CPMD3.15.3 成功。总结如下。 【摘要】首先把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4; 安装atlas/fftw数学库; 安装openmpi; 用“LINUX-x86_64-FEDORA-MPI” 配置Makefile文件，然后编译即可;可以用dev-test-suite来测试可靠度和效率。 一般来说intel 编译器生成的可执行文件效率要高，为什么不用intel ifort编译呢？一是因为在Ubuntu下安装intel compiler+openmpi比较费劲，容易出错；另外一个原因是官方CPMD maillist已经明确说了，测试表明cpmd的执行效率与编译器关系不大，与数学库的关系最大。而atlas库是最佳选择之一。 来源：http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2012-January/005343.html 1. 把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4 为什么要降？请看: http://www.cnblogs.com/tnxk/archive/2012/07/07/2580731.html 如果gcc -v 和gfortran -v显示4.4.x即可。 2. 安装atlas/fftw数学库 看看是不是安装在了/usr/lib/atlas-base/atlas下，ls一下看看。 如果是就好；如果不在这里，看看是否在 /usr/lib64/atlas下，或者其它地方。 记住这个库的位置，待会修改Makefile，你懂的。 3. 安装openmpi 4. 开始编译CPMD 首先到src目录下，然后： 然后修改Makefile，把atlas库的位置添加到其中的LFLAGS中。最后的文件配置部分如下： 其中CPPFLAGS中，-DPARALLEL说明要并行，-DPOINTER8表64位，-D__GNU表要用gcc/gfortran，-DFFT_FFTW表要用FFTW优化的快速傅立叶变换库。 然后开始make。不同机型测试表明上述过程work perfectly. 5. 测试 去官网下载 dev-test-suite.tar.gz 然后解压到任一目录，会生成 个Test_Suite文件夹，然后你在Test_Suite同级目录新建两个文件夹： mkdir COMPILE mkdir SOURCE 然后把编译好的cpmd.x复制到SOURCE文件夹里 然后cd Test_Suite bash CPMD_Test_Suite.sh -WFO -mpicmd "mpirun -np 8" 做并行测试 WFO是Test_Suite下的一个文件夹 你还可以测试GO, BO, CP, VIB, PI 如果bash CPMD_Test_Suite.sh -ALL -mpicmd "mpirun -np 8"就是全部测试 测试会有3种情况： PASSED, FAILED， CRASHED FAILED的话看看 Test_Suite/TS.OUT/Errors.log下，是怎么回事，它一般比较Compare the total energy, final electronic gradients and energy componentsfor a wavefunction optimization using ODIIS with vanderbilt PPS for BLYP functional。比如，总能量的偏差： 因为 1au (Ryd) = 13.6 eV = 313.76 kcal/mol 而1e-6 au ～ 0.0003kcal/mol，所以这种偏差可以忽略不计，这种FAILED也不用太在意。 如果是CRASH的，说明编译的可执行文件不支持某种计算，比如QMMM计算，或者matadynamics，或者编译失败。 ChemiAndy@百度空间：一花一世界 2012 Montreal. [ Last edited by ChemiAndy on 2012-8-28 at 20:25 ] CPMD 3.17.1 新版更新与与ubuntu + gcc4.6 + openmpi并行编译 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6321940 CPMD 4.1并行编译（Ubuntu 14.04/GCC4.6/fftw3） http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2137 |
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mark下，回头好好仔仔细细研究一下~ 4楼2012-09-06 14:50:16
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