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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 有人做裂纹模拟的吗？看看我这个裂纹的in文件有什么问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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kite175

银虫 (初入文坛)

[交流] 有人做裂纹模拟的吗？看看我这个裂纹的in文件有什么问题

# 3d Morse crack simulation


units          metal
boundary        s s p
atom_style        atomic


# create geometry

lattice                fcc 4.05  orient x 1 0 0  orient y 0 1 0 orient z 0 0 1
region                box block 0 60 0 40 -0.25 0.25
create_box        5 box
create_atoms        1 box

mass                1 1.0
mass                2 1.0
mass                3 1.0
mass                4 1.0
mass                5 1.0


# Morse potentials

pair_style        morse 2.5
pair_coeff        * * 1.0 1.0 2.5
neighbor        0.3 bin
neigh_modify        every 5 delay 0 check yes

# define groups

region                1 block INF INF INF 2 INF INF
group                lower region 1
region                2 block INF INF 38 INF INF INF
group                upper region 2
group                boundary union lower upper
group                mobile subtract all boundary


region                leftupper block INF 20 20 INF INF INF
region                leftlower block INF 20 INF 20 INF INF

region          bonds   block  INF 20  19.75 20.25 -0.25 0.25
delete_atoms    region  bonds

group                leftupper region leftupper
group                leftlower region leftlower


group                halfupper1 region halfupper1
group                halfupper2 region halfupper2

set                group leftupper type 3
set                group leftlower type 4


set                group lower type 1
set                group upper type 2

neigh_modify        exclude type 3 4
neigh_modify        exclude type 1 2


# 能量最小化
min_style sd
minimize       1.0e-12 1.0e-12  10000 10000

# initial velocities 弛豫

compute                  new mobile temp
velocity        mobile create 0.001 887723 temp new
timestep        0.001
thermo                200
run 10000

velocity        upper  set 0.0 0.01 0.0
velocity        lower  set 0.0 -0.01 0.0
velocity        mobile ramp vy 0.01 0.01 y 20 38 sum yes

# fixes
fix            1 all nve  
fix            2 lower setforce  0.0 NULL 0.0
fix            3 upper setforce  0.0 NULL 0.0
# run
thermo                200
thermo_modify        temp new

dump                1 all atom 1000 dump.crack.lammpstrj
run                300000
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1楼 2012-08-27 09:17:48
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kite175

银虫 (初入文坛)
怎么没有人回答呀？纠结呀
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-05 10:11:52
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1779064387

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-27 19:49:16
建议把你的data文件贴一下~
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-27 15:19:20
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-28 09:38:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by kite175 at 2012-09-05 10:11:52
怎么没有人回答呀？纠结呀

不知为何纠结？

想知道你的in文件有何问题，最简单的办法就是你运行一下啊，
有什么问题，立刻就知道了。
如果顺利运行，那就没什么问题，多好啊。
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-27 19:51:35
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kite175

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-27 19:51:35
不知为何纠结？

想知道你的in文件有何问题，最简单的办法就是你运行一下啊，
有什么问题，立刻就知道了。
如果顺利运行，那就没什么问题，多好啊。...

谢谢，谢谢你最美妙的回答，
赞一下 回复此楼
5楼2012-09-28 08:49:08
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tfl03

木虫 (职业作家)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-01 11:02:11
# 3d Morse crack simulation


units          metal
boundary        s s p
atom_style        atomic


# create geometry

lattice                fcc 4.05  orient x 1 0 0  orient y 0 1 0 orient z 0 0 1
region                box block 0 60 0 40 -0.25 0.25
create_box        5 box
create_atoms        1 box

mass                1 1.0
mass                2 1.0
mass                3 1.0
mass                4 1.0
mass                5 1.0


# Morse potentials

pair_style        morse 2.5
pair_coeff        * * 1.0 1.0 2.5
neighbor        0.3 bin
neigh_modify        every 5 delay 0 check yes

# define groups

region                1 block INF INF INF 2 INF INF
group                lower region 1
region                2 block INF INF 38 INF INF INF
group                upper region 2
group                boundary union lower upper
group                mobile subtract all boundary


region                leftupper block INF 20 20 INF INF INF
region                leftlower block INF 20 INF 20 INF INF

region          bonds   block  INF 20  19.75 20.25 -0.25 0.25
delete_atoms    region  bonds

group                leftupper region leftupper
group                leftlower region leftlower


group                halfupper1 region halfupper1
group                halfupper2 region halfupper2

set                group leftupper type 3
set                group leftlower type 4


set                group lower type 1
set                group upper type 2

neigh_modify        exclude type 3 4
neigh_modify        exclude type 1 2


# 能量最小化
min_style sd
minimize       1.0e-12 1.0e-12  10000 10000

# initial velocities 弛豫

compute                  new mobile temp
velocity        mobile create 0.001 887723 temp new
timestep        0.001
thermo                200
run 10000

velocity        upper  set 0.0 0.01 0.0
velocity        lower  set 0.0 -0.01 0.0
velocity        mobile ramp vy 0.01 0.01 y 20 38 sum yes

# fixes
fix            1 all nve  
fix            2 lower setforce  0.0 NULL 0.0
fix            3 upper setforce  0.0 NULL 0.0
# run
thermo                200
thermo_modify        temp new

dump                1 all atom 1000 dump.crack.lammpstrj
run                300000
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6楼2012-09-29 11:51:41
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kite175

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tfl03 at 2012-09-29 11:51:41
# 3d Morse crack simulation


units          metal
boundary        s s p
atom_style        atomic


# create geometry

lattice                fcc 4.05  orient x 1 0 0  orient y 0 1 0 orient ...

你这个in文件是和我那个一样的。你想告诉我什么呢？
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7楼2012-10-05 10:37:35
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chinaboy798

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
!请问你有什么问题？你拿着一个in文件来问有什么问题，难道你不知道有什么问题？
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8楼2014-11-12 14:07:34
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lnyuge1989

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
velocity        mobile ramp vy 0.01 0.01 y 20 38 sum yes
这句有错误
应该是
velocity        mobile ramp vy -0.01 0.01 y 20 38 sum yes
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9楼2014-11-12 15:17:47
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闵磊子

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 1779064387 at 2012-09-27 15:19:20
建议把你的data文件贴一下~

data文件是什么，我只知道in文件
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10楼2015-04-01 23:46:19
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Stoudemire29

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
group                halfupper1 region halfupper1
group                halfupper2 region halfupper2
将这两行注释掉就可以了吧
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11楼2018-10-19 16:21:54
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Stoudemire29

金虫 (小有名气)
楼主之前是研究裂纹的吗？新手一个，求指导.
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12楼2018-10-19 16:22:39
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云中梦华

禁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
13楼2018-10-22 12:51:03
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