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daniell251木虫 (著名写手)
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如何做Kohn-Sham orbital energy diagram
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请问各位如何能做出如下的图 用Gaussian得到MO的数据后需要自己分析吗 还是有专门的软件来完成这个任务？另外图中 24%Au 之类的代表什么呢 从哪里得来的 图出自Angew. Chem. Int. Ed 2012, 51, 5924 谢谢大家了  |
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daniell251
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我从论坛里下了一个AOMix 自己算了一下手册上的例子 BH3CO 在AOMix-FO运行后的输出文件AOMix-MO-FO-alpha.txt中有一些百分数类似于 LUMO+0[#12, 3.161 eV]= Fr 1: 7.2%L+1 3.0%H-0 1.8%L+2 Fr 2: 48.6%L+0 S(-0.319 0.242 0.085 ) OP(0.08 -0.10 -0.01 ) 38.0%L+1 S(0.085 -0.061 0.319 ) OP(0.02 -0.02 0.03 ) 这是不是指 在BH3CO的LUMO上 片段1贡献了7.2+3.0+1.8=12% 然后片段2贡献了48.6+38=86.6% 是这么理解吧？谢谢啦 |
8楼2012-08-28 21:36:57
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daniell251: 金币+20, ★★★★★最佳答案, Thx. so can you explain more details about threshold 阈值? Thank you again. 2012-08-26 09:54:15
gmy1990: 金币+3 2012-08-26 15:49:23
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gmy1990: 金币+3 2012-08-26 15:49:23
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24%表明整体分子的LUMO轨道有24%是由Me3PAu片段的分子轨道构成的。 可以用收费的AOMix结合Origin做这种图。 不过，使用其它免费的电荷转移分解(CDA)程序，稍加修改，应该也能得到整体分子轨道中片段分子轨道的成份。这样，根据能量高低，把整体分子轨道画在中间位置（画条短横线），把Me3PAu片段的分子轨道画在左边，吲哚的画在右边。若整体分子轨道中片段分子轨道的成份大于一定阈值，就把相应的横线连上。之后再自行标上文字之类，就得到这样的图了 |
2楼2012-08-26 05:53:57
sobereva
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zhou2009: 金币+10 2012-08-26 14:42:29
zhou2009: 金币+10 2012-08-26 14:42:29
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整体分子轨道对应的图中的横杠，只与对它贡献较大（高于阈值）的片段分子轨道对应的横杠画上连线（有时在连线上直接标出贡献值）。以便于从图上直接看出整体分子轨道是主要由哪些片段分子轨道所贡献的。 由于对整体分子轨道贡献较高的片段分子轨道的数目较少，因此如果阈值设得高，连线数目就会较少。如果阈值低，连线数目自然就会多。如果阈值设成0，那么无论片段分子轨道对整体分子轨道有多少贡献，都会被连上，这样的话图上就会有一大堆连线，非常混乱，根本都看不清主次了。 至于你问Multiwfn能不能做，目前2.5版还不支持，预计会在2.7版支持CDA功能并能直接做这种图。 |
3楼2012-08-26 14:34:47
daniell251
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4楼2012-08-27 21:26:31
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