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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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殷殷114

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 辛苦了 2012-08-27 13:46:10
如何查找SNP的rs号  

2011-07-19 11:57:58|  分类: 默认分类 |字号 订阅
原文地址:如何查找SNP的rs号作者:拥抱马来西亚
ncbi里对所有提交的snp进行分类考证之后,都会给出一个rs号,也可称作参考snp,并给出snp的具体信息,包括前后序列,位置信息,分布频率等。

如何查找rs号,可参考此贴:
http://www.dxy.cn/bbs/post/view? ... PogeMSdnp2vPTdj0-20

知道基因名称,例如血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因和位点信息,如M235T,及相关的疾病,如原发性高血压,查找RS号码的方法小结:

很多同学估计都遇到过这种情况,就是说知道基因和位点的一些信息,但不知道PCR产物的全长序列和位点的具体位置,当然也没办法设计引物,有些同学采用别人的引物P,效果很不理想。如果有RS号码,当然序列就有了,但因为很多文章中并不会给出RS 号,所以只有自己查。
下面,我就我的经验,小结一下我这方面的经验。
具体步骤如下:

一,通过PUBMED或者CNKI,万方等数据库总归可以查到P这个位点的引物。

二,得到引物进入BLAST(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/),进行nucleotide blast 。
注意:正反引物都BLAST。

三,比较两引物的BLAST结果,选取结果相同的项目 ,得到PCR产物从第一个碱基到最后一个碱基在基因全长上的位置。例如:313324—313943

四,选取一个正反引物都BLAST到的合适的结果,把PCR产物两头碱基的位点数据输入,点ENTER键,即可得到PCR产物的全长。
(以下仅为举例,不是正确结果)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entr ... mp;view=gbwithparts

五,得到PCR产物全长后,进行SNP 的BLST。
进入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
选Specialized BLAST中的Search for SNPs (snp) 。
得到N个PCR序列中的SNP位点。

六,根据文献信息(1,PCR产物酶切后各段长度信息。2,所用酶的酶切序列信息。)确定SNP 位点在PCR产物上的位置,并与SNP BLAST出来的结果比对,确定SNP,得到RS号码。

以上方法,经本人验证,屡使不爽,欢迎指教完善

也可以这样:
知道引物序列后,可以借助UCSC的In-Silico PCRhttp://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841,找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内; 2. 单击sunmit;3. 出现扩增后的PCR序列后,单击左侧的链接。出现你要的结果,从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。
2楼2012-08-27 12:42:33
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