应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于pubmed 上 SNP 中 如何查找所需信息，比如帖子中
11/1返回列表
查看: 2592  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

殷殷114

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 辛苦了 2012-08-27 13:46:10
如何查找SNP的rs号  

2011-07-19 11:57:58|  分类： 默认分类 |字号 订阅
原文地址：如何查找SNP的rs号作者：拥抱马来西亚
ncbi里对所有提交的snp进行分类考证之后，都会给出一个rs号，也可称作参考snp，并给出snp的具体信息，包括前后序列，位置信息，分布频率等。

如何查找rs号，可参考此贴：
http://www.dxy.cn/bbs/post/view? ... PogeMSdnp2vPTdj0-20

知道基因名称，例如血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因和位点信息，如M235T，及相关的疾病，如原发性高血压，查找RS号码的方法小结：

很多同学估计都遇到过这种情况，就是说知道基因和位点的一些信息，但不知道PCR产物的全长序列和位点的具体位置，当然也没办法设计引物，有些同学采用别人的引物P，效果很不理想。如果有RS号码，当然序列就有了，但因为很多文章中并不会给出RS 号，所以只有自己查。
下面，我就我的经验，小结一下我这方面的经验。
具体步骤如下：

一，通过PUBMED或者CNKI，万方等数据库总归可以查到P这个位点的引物。

二，得到引物进入BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/），进行nucleotide blast 。
注意：正反引物都BLAST。

三，比较两引物的BLAST结果，选取结果相同的项目 ，得到PCR产物从第一个碱基到最后一个碱基在基因全长上的位置。例如：313324—313943

四，选取一个正反引物都BLAST到的合适的结果，把PCR产物两头碱基的位点数据输入，点ENTER键，即可得到PCR产物的全长。
（以下仅为举例，不是正确结果）
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entr ... mp;view=gbwithparts

五，得到PCR产物全长后，进行SNP 的BLST。
进入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
选Specialized BLAST中的Search for SNPs (snp) 。
得到N个PCR序列中的SNP位点。

六，根据文献信息(1,PCR产物酶切后各段长度信息。2，所用酶的酶切序列信息。)确定SNP 位点在PCR产物上的位置，并与SNP BLAST出来的结果比对，确定SNP，得到RS号码。

以上方法，经本人验证，屡使不爽，欢迎指教完善

也可以这样：
知道引物序列后，可以借助UCSC的In-Silico PCRhttp://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841，找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内； 2. 单击sunmit；3. 出现扩增后的PCR序列后，单击左侧的链接。出现你要的结果，从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-27 12:42:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
相关版块跳转 我要订阅楼主 死亡之吻 的主题更新
11/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +5 瞬息宇宙 2026-08-10 6/300 2026-08-10 10:38 by Tide man
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +9 Lanmanbaby 2026-08-09 17/850 2026-08-10 10:35 by Tide man
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +7 yufeiwaner 2026-08-09 7/350 2026-08-10 09:08 by zju2000
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +15 且听虎啸 2026-08-07 22/1100 2026-08-09 22:13 by 布布和一二
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭