应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于pubmed 上 SNP 中 如何查找所需信息，比如帖子中
11/1返回列表
查看: 2498  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

殷殷114

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, MolEPI+1, 辛苦了 2012-08-27 13:46:10
如何查找SNP的rs号  

2011-07-19 11:57:58|  分类： 默认分类 |字号 订阅
原文地址：如何查找SNP的rs号作者：拥抱马来西亚
ncbi里对所有提交的snp进行分类考证之后，都会给出一个rs号，也可称作参考snp，并给出snp的具体信息，包括前后序列，位置信息，分布频率等。

如何查找rs号，可参考此贴：
http://www.dxy.cn/bbs/post/view? ... PogeMSdnp2vPTdj0-20

知道基因名称，例如血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因和位点信息，如M235T，及相关的疾病，如原发性高血压，查找RS号码的方法小结：

很多同学估计都遇到过这种情况，就是说知道基因和位点的一些信息，但不知道PCR产物的全长序列和位点的具体位置，当然也没办法设计引物，有些同学采用别人的引物P，效果很不理想。如果有RS号码，当然序列就有了，但因为很多文章中并不会给出RS 号，所以只有自己查。
下面，我就我的经验，小结一下我这方面的经验。
具体步骤如下：

一，通过PUBMED或者CNKI，万方等数据库总归可以查到P这个位点的引物。

二，得到引物进入BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/），进行nucleotide blast 。
注意：正反引物都BLAST。

三，比较两引物的BLAST结果，选取结果相同的项目 ，得到PCR产物从第一个碱基到最后一个碱基在基因全长上的位置。例如：313324—313943

四，选取一个正反引物都BLAST到的合适的结果，把PCR产物两头碱基的位点数据输入，点ENTER键，即可得到PCR产物的全长。
（以下仅为举例，不是正确结果）
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entr ... mp;view=gbwithparts

五，得到PCR产物全长后，进行SNP 的BLST。
进入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
选Specialized BLAST中的Search for SNPs (snp) 。
得到N个PCR序列中的SNP位点。

六，根据文献信息(1,PCR产物酶切后各段长度信息。2，所用酶的酶切序列信息。)确定SNP 位点在PCR产物上的位置，并与SNP BLAST出来的结果比对，确定SNP，得到RS号码。

以上方法，经本人验证，屡使不爽，欢迎指教完善

也可以这样：
知道引物序列后，可以借助UCSC的In-Silico PCRhttp://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841，找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内； 2. 单击sunmit；3. 出现扩增后的PCR序列后，单击左侧的链接。出现你要的结果，从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-27 12:42:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
相关版块跳转 我要订阅楼主 死亡之吻 的主题更新
11/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料学硕318求调剂 +14 February_Feb 2026-03-01 16/800 2026-03-02 11:17 by yuchj
[考研] 268求调剂 +3 简单点0 2026-03-02 4/200 2026-03-02 11:14 by 黑！在干嘛
[考研] 材料工程专硕283求调剂 5+4 ，！？ 2026-03-02 6/300 2026-03-02 11:07 by 黑！在干嘛
[考研] 求调剂 +8 yunziaaaaa 2026-03-01 9/450 2026-03-02 11:03 by 黑！在干嘛
[考研] 化工专硕342，一志愿大连理工大学，求调剂 +6 kyf化工 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:56 by 无际的草原
[考研] 材料调剂 +6 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:42 by Jy?
[考研] 274求调剂 +3 cgyzqwn 2026-03-01 7/350 2026-03-02 10:38 by lature00
[考研] 欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考 +5 pin8023 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:33 by ZY，先生
[考研] 275求调剂 +3 L-xin? 2026-03-01 6/300 2026-03-02 10:22 by 热情沙漠
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-02 4/200 2026-03-02 10:16 by 13853210211
[考研] 江苏省农科院招调剂1名 +3 Qwertyuop 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:18 by aaadim
[考研] 272求调剂 +6 田智友 2026-02-28 6/300 2026-03-01 21:40 by 公瑾逍遥
[考研] 0856材料求调剂 +11 hyf hyf hyf 2026-02-28 12/600 2026-03-01 18:57 by 18137688336
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 材料284求调剂，一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 调剂 +3 简木ChuFront 2026-02-28 3/150 2026-03-01 11:46 by 王伟要上岸啊
[考研] 寻找调剂 +4 LYidhsjabdj 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:56 by sunny81
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:19 by 馥安馥安
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧？ +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭