应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 求助：relax计算无故停止了！！！
81/1返回列表
查看: 1081  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] 求助：relax计算无故停止了！！！

在对一个团簇进行relax计算，不知道为什么在第一圈scf的时候就中断了，大家帮忙看下啊。
     Initial potential from superposition of free atoms
     Check: negative starting charge=   -0.261082

     starting charge  861.99277, renormalised to  862.00000

     negative rho (up, down):  0.261E+00 0.000E+00
     Starting wfc are  560 randomized atomic wfcs

     total cpu time spent up to now is      525.5 secs

     per-process dynamical memory:  1096.3 Mb

     Self-consistent Calculation

     iteration #  1     ecut=    28.00 Ry     beta=0.60
     Davidson diagonalization with overlap

输入文件：
&CONTROL
                 calculation  = 'relax',
                 restart_mode = 'from_scratch',
                 prefix       = "cluster",
                        nstep = 300,
                 pseudo_dir   = "/pkg/suse11/quantum/5.0/pseudo",
                 outdir       = "/home/n7388683/QE/tmp",                 
/
&SYSTEM
                       ibrav = 8,
                   celldm(1) = 60,
                   celldm(2) = 1,
                   celldm(3) = 1.6,
                         nat = 143,
                        ntyp = 6,
                 occupations = 'smearing',
                     degauss = 0.02D0,
                     ecutwfc = 28,
                     ecutrho = 280,
/
&ELECTRONS
                 conv_thr    = 1.D-8,
                 mixing_beta = 0.6,
/
&IONS
                ion_dynamics = 'bfgs',           
/
ATOMIC_SPECIES
   Zn   65.3799972534  Zn.pbe-van.UPF
    O   15.9989995956  O.pbe-van_ak.UPF
    C   12.0109996796  C.pbe-van_bm.UPF
    H    1.0080000162  H.pbe-van_ak.UPF
    N   14.0069999695  N.pbe-van_ak.UPF
    S   32.0600013733  S.pbe-van_bm.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
  H   0.3614764678415067   0.3260185388037989   0.4903518590461970
  H   0.3501062906446801   0.3215141854882181   0.4389399820757451
  H   0.2340058736165186   0.2398981439435555   0.4525166678750610
  H   0.2446487688014819   0.2455745407646397   0.5039816478113540
  H   0.3801983569171167   0.2835247486476596   0.5665762473794351
  H   0.2941596080923539   0.3764637600498841   0.5239821142905020
  H   0.4208889805495367   0.3464972260594448   0.5889669361504221
  H   0.3348919576108042   0.4388663086257879   0.5454707103471611
  H   0.2577944124655111   0.3034121140223612   0.5765032361447900
  H   0.3236579070582105   0.2007674044515838   0.5285713555723050
  H   0.2286434816276870   0.2476427293656401   0.6100327448282201
  H   0.2934768472200527   0.1440976175011433   0.5620019342803541
  H   0.2145177563847381   0.2570849305516734   0.4067276402010860
  H   0.2238488179795180   0.2562684282605565   0.2728854880014620
  H   0.2713709555380992   0.2700535015581476   0.2310678378427570
  H   0.1624414935535122   0.2838225104930844   0.3195645124390260
  H   0.1591591840896817   0.2824493011269937   0.3569562962436541
  H   0.1925400419917870   0.3222446407643179   0.3400081715212940
  H   0.1832406163330873   0.2014616779117295   0.3575624688250891
  H   0.1872155887398185   0.2007984768844027   0.3201912055270190
  H   0.2331689385510361   0.1858314672426813   0.3410993224459701
  H   0.2268982005173763   0.1952588751395471   0.6404181304692090
  H   0.2458389923414057   0.1414645984577350   0.6480192262859330
  H   0.2836340198679844   0.1827797991952734   0.6377151560585641
  H   0.4216294345483999   0.3964551823247542   0.6194593288710601
  H   0.4127561239672305   0.4537788521378073   0.6228220357495670
  H   0.3675213642325401   0.4178769479665478   0.6179702791933062
  H   0.2816800395687616   0.2431223151903554   0.1546494784565750
  C   0.3333843313341648   0.3072767569202162   0.4822208547345981
  C   0.3268236489967186   0.3044040760238957   0.4529111994962581
  C   0.2910008365583384   0.2803249223991243   0.4410759229128280
  C   0.2618864864344002   0.2592106029650477   0.4604945810726850
  C   0.2679490958668603   0.2621465114725576   0.4898449893263820
  C   0.3039663514673032   0.2862811878521035   0.5015334421584370
  C   0.3343476403349829   0.3256164015100549   0.5435727410188601
  C   0.3702990677314140   0.3175357105037067   0.5620440473497661
  C   0.3220912155285476   0.3696583628513073   0.5380462881126060
  C   0.3931229433429438   0.3526118000076788   0.5746380757187000
  C   0.3452737572763737   0.4051750864639241   0.5502837215550740
  C   0.3809639685504269   0.3968247692623076   0.5688212222610030
  C   0.2925505834165600   0.2561904892062111   0.5501160251072621
  C   0.2657595955447548   0.2685508339388306   0.5732251645037020
  C   0.3025697111108066   0.2109282899498465   0.5462633001141490
  C   0.2492134928059078   0.2368154096579205   0.5923144404399060
  C   0.2857748914384269   0.1790967767002776   0.5648833195643700
  C   0.2590099051900088   0.1916975884765853   0.5881699018505721
  C   0.2837928668994061   0.2772090137367713   0.4102511081853700
  C   0.2452213829364399   0.2651508074674263   0.3957442727653101
  C   0.2928039435753367   0.2781421843307215   0.3571459941271770
  C   0.2502944918738821   0.2656615165835056   0.3657848038547200
  C   0.2203881108092720   0.2562709691024089   0.3400179181854771
  C   0.2531370727043174   0.2655705530834380   0.3156832528804420
  C   0.2947664999097249   0.2781947134944971   0.3266462755371220
  C   0.2523942345671361   0.2649289811605500   0.2859546113462950
  C   0.2932777959884568   0.2770121332489390   0.2733838615809260
  C   0.3004977769912767   0.2789202012709065   0.2436198549388110
  C   0.3376009575727494   0.2899913872970079   0.2276129970679930
  C   0.3370259297085219   0.2896207104842796   0.1960667427757870
  C   0.3789506794244033   0.3025784015624133   0.2399494647647440
  C   0.1805976031849517   0.2886699275377029   0.3390634102425441
  C   0.2048139209744719   0.2073590390350089   0.3396930257514940
  C   0.2506102327072081   0.1701314341046659   0.6347214708879370
  C   0.4016254474220236   0.4239322574237542   0.6125045914276481
  N   0.3103099862467610   0.2892169118585981   0.5311602295803252
  N   0.4126709109377604   0.3128436562700178   0.2500947627412519
  O   0.2769601866364481   0.1233973840925653   0.0610312122511020
  O   0.2221768533031143   0.1233973840925653   0.1220624245022050
  O   0.2221768533031143   0.0350473840925657   0.0813749496681362
  O   0.2769601866364481   0.0350473840925657   0.1424061619192390
  O   0.3865268533031143   0.1233973840925653   0.0610312122511020
  O   0.3317435199697812   0.1233973840925653   0.1220624245022050
  O   0.3317435199697812   0.0350473840925657   0.0813749496681362
  O   0.3865268533031143   0.0350473840925657   0.1424061619192390
  O   0.4960935199697811   0.1233973840925653   0.0610312122511020
  O   0.4413101866364481   0.1233973840925653   0.1220624245022050
  O   0.4413101866364481   0.0350473840925657   0.0813749496681362
  O   0.4960935199697811   0.0350473840925657   0.1424061619192390
  O   0.2769601866364481   0.3000973840925653   0.0610312122511020
  O   0.2221768533031143   0.3000973840925653   0.1220624245022050
  O   0.2221768533031143   0.2117473840925660   0.0813749496681362
  O   0.2769601866364481   0.2117473840925660   0.1424061619192390
  O   0.3865268533031143   0.3000973840925653   0.0610312122511020
  O   0.3317435199697812   0.3000973840925653   0.1220624245022050
  O   0.3317435199697812   0.2117473840925660   0.0813749496681362
  O   0.3865268533031143   0.2117473840925660   0.1424061619192390
  O   0.4960935199697811   0.3000973840925653   0.0610312122511020
  O   0.4413101866364481   0.3000973840925653   0.1220624245022050
  O   0.4413101866364481   0.2117473840925660   0.0813749496681362
  O   0.4960935199697811   0.2117473840925660   0.1424061619192390
  O   0.2769601866364481   0.4767973840925653   0.0610312122511020
  O   0.2221768533031143   0.4767973840925653   0.1220624245022050
  O   0.2221768533031143   0.3884473840925660   0.0813749496681362
  O   0.2769601866364481   0.3884473840925660   0.1424061619192390
  O   0.3865268533031143   0.4767973840925653   0.0610312122511020
  O   0.3317435199697812   0.4767973840925652   0.1220624245022050
  O   0.3317435199697812   0.3884473840925660   0.0813749496681362
  O   0.3865268533031143   0.3884473840925660   0.1424061619192390
  O   0.4960935199697811   0.4767973840925653   0.0610312122511020
  O   0.4413101866364481   0.4767973840925653   0.1220624245022050
  O   0.4413101866364481   0.3884473840925660   0.0813749496681362
  O   0.4960935199697811   0.3884473840925660   0.1424061619192390
  O   0.4055986795436972   0.4288539847247110   0.5821166103818600
  O   0.2445480611153265   0.1579609647296695   0.6053356846517171
  O   0.3703413629576670   0.2882107079559962   0.1810644362217600
  O   0.2955867332791742   0.2884236580587338   0.1849670095275400
  S   0.3275157442282215   0.2890979246318983   0.3859450326932000
  S   0.3334520248662287   0.2893924385621631   0.3004016181606370
Zn   0.2769601866364481   0.0570106726258992   0.0610312122511020
Zn   0.2221768533031143   0.0570106726258992   0.1220624245022050
Zn   0.2221768533031143   0.1453606726258990   0.0813749496681362
Zn   0.2769601866364481   0.1453606726258990   0.1424061619192390
Zn   0.3865268533031143   0.0570106726258992   0.0610312122511020
Zn   0.3317435199697812   0.0570106726258992   0.1220624245022050
Zn   0.3317435199697812   0.1453606726258990   0.0813749496681362
Zn   0.3865268533031143   0.1453606726258990   0.1424061619192390
Zn   0.4960935199697811   0.0570106726258992   0.0610312122511020
Zn   0.4413101866364481   0.0570106726258992   0.1220624245022050
Zn   0.4413101866364481   0.1453606726258990   0.0813749496681362
Zn   0.4960935199697811   0.1453606726258990   0.1424061619192390
Zn   0.2769601866364481   0.2337106726258990   0.0610312122511020
Zn   0.2221768533031143   0.2337106726258990   0.1220624245022050
Zn   0.2221768533031143   0.3220606726258991   0.0813749496681362
Zn   0.2769601866364481   0.3220606726258991   0.1424061619192390
Zn   0.3865268533031143   0.2337106726258990   0.0610312122511020
Zn   0.3317435199697812   0.2337106726258990   0.1220624245022050
Zn   0.3317435199697812   0.3220606726258990   0.0813749496681362
Zn   0.3865268533031143   0.3220606726258990   0.1424061619192390
Zn   0.4960935199697811   0.2337106726258990   0.0610312122511020
Zn   0.4413101866364481   0.2337106726258990   0.1220624245022050
Zn   0.4413101866364481   0.3220606726258990   0.0813749496681362
Zn   0.4960935199697811   0.3220606726258990   0.1424061619192390
Zn   0.2769601866364481   0.4104106726258990   0.0610312122511020
Zn   0.2221768533031143   0.4104106726258990   0.1220624245022050
Zn   0.2221768533031143   0.4987606726258990   0.0813749496681362
Zn   0.2769601866364481   0.4987606726258990   0.1424061619192390
Zn   0.3865268533031143   0.4104106726258990   0.0610312122511020
Zn   0.3317435199697812   0.4104106726258990   0.1220624245022050
Zn   0.3317435199697812   0.4987606726258990   0.0813749496681362
Zn   0.3865268533031143   0.4987606726258990   0.1424061619192390
Zn   0.4960935199697811   0.4104106726258990   0.0610312122511020
Zn   0.4413101866364481   0.4104106726258990   0.1220624245022050
Zn   0.4413101866364481   0.4987606726258990   0.0813749496681362
Zn   0.4960935199697811   0.4987606726258990   0.1424061619192390
K_POINTS automatic
  2 2 1   0 0 0
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-24 10:00:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)
为啥没人回呢，我觉得可能是k点设置问题，对于团簇的计算，k点应该设成gamma吧，大家来交流下啊。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-24 11:29:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-08-24 16:39:37
cj4566: 金币+5, ★有帮助 2012-08-26 12:33:45
怀疑是内存不够了，k点确实应该设为gamma点
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-24 14:51:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 043114076 at 2012-08-24 14:51:05
怀疑是内存不够了，k点确实应该设为gamma点

关于cpu和内存，怎么估算啊。看过手册里的估算方法，但是感觉太复杂了，有没有最初略的估算啊。比如两百多原子，ecut=30，kpoint 2*2*1，大概需要多少cpu多少内存才够啊。我上面的计算用的是64 cpu，200gb内存，楼上提点意见啊，谢谢啦！
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-24 15:00:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-08-24 19:49:13
cj4566: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-26 12:34:09
diagonalization='david'是非常耗费内存的。你的体系首先原胞大，其次原子数多，再次还有Zn元素。占用内存将非常大。要想节约内存，把diagonalization改成cg
但是cg慢一些。
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-24 17:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)
不明白为什么cluster模型要用qe算，高斯不挺好的吗
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-24 20:55:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 043114076 at 2012-08-24 20:55:46
不明白为什么cluster模型要用qe算，高斯不挺好的吗

我是担心两百多原子高斯算不动啊，难道很快？用b3lyp？
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-26 07:50:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cj4566 at 2012-08-26 07:50:55
我是担心两百多原子高斯算不动啊，难道很快？用b3lyp？...

这么多重原子确实也够呛，用赝势和纯泛函会快一些
或者可以尝试dmol3
赞一下 回复此楼
8楼2012-08-26 13:15:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cj4566 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭