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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » permut软件输入格式
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tyssave

金虫 (小有名气)

[求助] permut软件输入格式 已有1人参与

最近要用到permut软件来计算居群内和居群间遗传多样性和遗传分化系数（Hs，Ht），说是要用permut这个软件，看到里面有example inperm输入格式数据的例子，但是不懂这些个数字是怎么得来的，麻烦有懂的人指点一下吧
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Stuart
1楼 2012-08-23 00:22:02
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

haohappy13

新虫 (初入文坛)
最近也在发愁这个事……您知道了告诉我呀……
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3楼2014-11-20 01:43:41
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huakaihuaxie

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by haohappy13 at 2014-11-20 01:43:41
最近也在发愁这个事……您知道了告诉我呀……

我最近也在用permut，知道第一个矩阵的数据：每个居群中不同单倍型的个体数，但是第二个矩阵的数据不知道怎么输入，应该是要输入每个单倍型中碱基变异位点的个体数，不知道怎么统计
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4楼2014-12-02 10:53:54
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普通回帖

lindayyyy

铁虫 (初入文坛)
请问你解决了吗？我也正为此烦恼呢，如会麻烦不吝赐教哦
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2楼2014-06-19 17:30:08
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tyssave

金虫 (小有名气)
大家好，本人做系统进化方面研究的时候，刚开始也是找不到人，群里问了好多，都不搭理，很纳闷不知为什么这些大侠不肯把知道的东西说出来让我们学习一下，后来才找到一位师兄给指导了一下，但依然不知道该如何系统的学习，所以本人深知系统进化方面软件没人指导的痛苦，由于本人暂时不做系统进化方面的研究了，之前软件的用法也忘得差不多了，本人就把permut的输入格式代表了哪些在此写一下，我也属于半路出家，有些地方可能不准确，希望懂的大侠们能大方一点的告知我们这些菜鸟。
permut里面，不同的数字分别代表变异位点的碱基，A用1 ，G用2，T用3，C用4， 插入缺失为6或9；一行代表一个单倍型，列就是有多少个变异位点；就是说一共只会有5种变异ATCG和缺失；如果列的位数对不齐，随便找一个1到4的数字代替就行了。
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Stuart
5楼2014-12-04 08:31:01
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麒麟无邪

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by tyssave at 2014-12-04 08:31:01
大家好，本人做系统进化方面研究的时候，刚开始也是找不到人，群里问了好多，都不搭理，很纳闷不知为什么这些大侠不肯把知道的东西说出来让我们学习一下，后来才找到一位师兄给指导了一下，但依然不知道该如何系统的 ...

我也想用这个软件，不过就是不懂，方便交流么？
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用我一生换你十年天真无邪
6楼2015-04-18 17:04:55
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qhfuyong

新虫 (初入文坛)
您这个问题解决了吗？如果解决了，请分享一下可以吗？
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7楼2015-06-17 18:38:24
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qhfuyong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by tyssave at 2014-12-04 08:31:01
大家好，本人做系统进化方面研究的时候，刚开始也是找不到人，群里问了好多，都不搭理，很纳闷不知为什么这些大侠不肯把知道的东西说出来让我们学习一下，后来才找到一位师兄给指导了一下，但依然不知道该如何系统的 ...

您能举个例子吗？
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8楼2015-06-17 18:40:15
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tyssave

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by qhfuyong at 2015-06-17 18:40:15
您能举个例子吗？...

非常抱歉，我早就不做这方面的内容了，由于扔的时间比较长，都忘得差不多了，你可以根据我之前说的再弄一下，打开软件里自带的example文档然后再结合自己的修改，不要自己新建文档

[ 发自小木虫客户端 ]
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Stuart
9楼2015-06-18 07:49:53
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tyssave

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 麒麟无邪 at 2015-04-18 17:04:55
我也想用这个软件，不过就是不懂，方便交流么？...

非常抱歉，我早就不做这方面的内容了，由于扔的时间比较长，都忘得差不多了，你可以根据我之前说的再弄一下，打开软件里自带的example文档然后再结合自己的修改，不要自己新建文档

[ 发自小木虫客户端 ]
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Stuart
10楼2015-06-18 07:50:38
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