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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 对于一个没有内含子的基因，请问用基因组或cDNA作为模板跑PCR对于结果有什么影响吗？
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sherrysure

银虫 (小有名气)

[求助] 对于一个没有内含子的基因，请问用基因组或cDNA作为模板跑PCR对于结果有什么影响吗？

请问大家，
对于一个没有内含子的基因，用基因组或cDNA作为模板跑PCR对于结果有什么影响吗？
我在扩一个基因，用公布的mRNA序列设计的引物，文献上都是用反转录后的cDNA跑的PCR，但是我将这一序列到我所做的生物基因组中比对后发现其没有内含子，所以我就用它的基因组试着跑PCR，可是没有条带，不知道是什么原因。
还希望高手不吝赐教。

另外还想请问一下：
跑PCR的时候，什么时候用rTaq酶，什么时候用LA Taq酶？
两者PCR对后续实验又影响吗？

万分感激！
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1楼 2012-08-16 17:07:26
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liuwt2008

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

有可能模板不完整。因为我们提取的模板都是一些基因片段，也就是说你的模板在800-1400bp处可能有断点，及5“---800左右出是一个片段，800左右-----3”是另一个片段，这样的话你用你的引物就就扩不出来。即使扩出来的话（即有可能出现单引物扩增现象），极有可能不是你想要的东西。
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11楼2012-08-23 10:25:20
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674515734

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励新虫发帖交流，欢迎常来生物医药区发帖贡献。 2012-08-16 20:16:56
基因与mRNA反转录到的DNA是不一样的，基因即使没有内含子，也会有基因转录的调控序列等，要比mRNA反转录得到的序列长，此外，初级转录产物还可能会被间接修饰等。所以不能用基因序列代替cDNA。
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sherrysure
在卑微中活出精彩，在短暂中寻求永恒。。。
2楼2012-08-16 17:45:56
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sherrysure

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 674515734 at 2012-08-16 17:45:56
基因与mRNA反转录到的DNA是不一样的，基因即使没有内含子，也会有基因转录的调控序列等，要比mRNA反转录得到的序列长，此外，初级转录产物还可能会被间接修饰等。所以不能用基因序列代替cDNA。

你好，谢谢你的解答，但是我没有看的很明白。

还想请问一下，引物序列不是已经把扩增出来的序列长度给框定了吗？为什么调控序列也会同时扩增出来呢？
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3楼2012-08-21 09:01:12
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liuwt2008

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果没有内含子的话，用基因组扩增，应该没问题的。如没有条带，有没有试着优化反应体系。
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4楼2012-08-21 09:32:58
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