应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » uuv2010的blog
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3950  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

[交流] uuv2010的blog 已有3人参与

看看应用版面做一个blog是不是可以，呵呵

一、关于DFT计算的知识体系的建立
个人认为如果开一个详细的书单的话，可以是这样（一家之言，欢迎大家批评指正，欢迎大家删改增添）

1 数理基础书单如下：
微积分和数学分析引论（R.柯朗  F. 约翰）
漫画线性代数（挺有趣的一本书，漫画中的人物挺好玩的）
数学物理方法(R.柯朗)（根据 cgq88的推荐发现这套书的确不错，赞）

2.物理化学基础书单如下：
物理化学（傅献彩）
统计力学（李政道）
热力学（王竹溪）（ cgq88推荐，多谢）


3.物理基础书单如下：
量子力学原理（狄拉克）（这本书对于了解量子力学的基本概念有很大的好处）
费曼物理学讲义（1~3）
朗道物理学教程（力学、量子力学、统计物理）（很推崇朗道的教学方法，在学生的基础知识方面严格要求）

4.固体物理基础书单如下：
Introduction to solid state physics(Kittel)
Solid state phycics,(Ashcroft Mermin)(对于学物理的人来说十本好书，特别喜欢这本)
固体物理学（黄昆）

5.凝聚态物理基础书单如下：
表面与界面（霍夫曼）
凝聚态物理学（冯端）
Basic notations of condensed matter physics（Anderson）

6.化学基础书单如下：
量子化学（徐光宪上中下三册）
Quantum Chemistry（Iran Levine）
Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory
（Attila Szabo）

7.群论数目如下：
群论及其在固体物理中的应用（喀兴林）
群论在化学中的应用（科顿） http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21028991.html
物理学中的群论基础(约什)  http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21754436.html

8.密度泛函理论书单如下：
Electonic structre（Martin）
PLANEWAVES. PSEUDOPOTENTIALS AND THE LAPW METHOD
Density functional theory of atoms and molecules(杨伟涛)（老爷子仍奋斗在DFT理论发展的前沿ing~）

9.程序类书单如下：
Fortran 程序设计（彭国伦）
Perl语言编程（大骆驼书）
Perl语言入门（小骆驼书）

10.其他需要大家推荐的书单：
从上面的书单可以看出，我推荐的书单中缺少矩阵、热力学、相对论量子力学、场论、拓扑、python程序、C语言、shell语言等方面的书，欢迎大家推荐这些方面经典的入门教材。如果大家有其他认为有助于完善知识体系的书，欢迎推荐！


对于这些书是不是一定要读的问题，个人认为：不了解的地方就找相应的书的部分来看看，另外要尽可能找名家的书来看，这样对于基础概念的了解很有帮助，不至于被一知半解的书给带偏了。

[ Last edited by uuv2010 on 2012-8-8 at 11:26 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP 科研fighting Research 热力学那点事

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

franch

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-06 15:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
DFT计算软件(补充中……)
VASP
http://www.vasp.at/

QE(PWSCF)
http://www.quantum-espresso.org/

Abinit
http://www.abinit.org/

ELK
http://elk.sourceforge.net/
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-12 15:25:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
看到版上很多人问graphene的坐标的写法，提供给大家，直接保存为car文件，import进MS软件即可看到构型

graphene的坐标
CODE:
!BIOSYM archive 3
PBC=ON
Materials Studio Generated CAR File
!DATE Tue Apr 03 11:51:13 2012
PBC    2.4600    2.4600   10.0000   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)
C1      -0.000000000    1.420281705    5.000000000 XXXX 1      xx      C   0.000
C2       1.230000037    0.710140852    5.000000000 XXXX 1      xx      C   0.000
end
end
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-06 15:42:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
Determining the groundstate energ of atoms
The POTCAR file contains information on the energy of the atom in the reference configuration (i.e. the configuration for which the PP was generated). Total energies calculated by vasp are with respect to this configuration. The reference calculation, however, did not allow for spin-polarisation or broken symmetry solutions, which usually lower the energy for gradient corrected of hybrid functionals. To include these effects properly, it is required to calculate the lowest energy magnetic groundstate using VASP.

Unfortunately convergence to the symmetry broken spin polarized groundstate can be relatively slow in VASP. The following INCAR file worked reasonably well for most elements:

ISYM = 0      # no symmetry
ISPIN = 2     # allow for spin polarisation
VOSKOWN = 1   # this is important, in particular for GGA
               # but not required for PBE potentials
ISMEAR = 0    # Gaussian smearing, otherwise negative occupancies might come up
SIGMA = 0.002 # tiny smearing width to safely break symmetry
AMIX = 0.2    # mixing set manually
BMIX = 0.0001  
NELM = 100    # often many steps are required
ICHARG = 1

Execute VASP twice to three times, consecutively with this input file until energies are converged. Furthermore, we recommend to use large slightly non-cubic cells, i.e. 12 Å$\times$13 Å$\times$14 Å. In some cases, we also found it advantageously to use direct energy minimization instead of charge-density mixing

ALGO = D ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2

or

ALGO = A ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2

Always check for convergence, and whether all occupancies are 0 or 1.
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-07 14:39:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
一个计算声子的软件phon
程序文件为：
phon.f
reader.f: drdatab.f
set_lattice.f :  sgama.f  :  cubicsym.f , hexsym.f   
generate_punti.f
build_supercell.f
get_displ.f  
rshell.f :  hpsort.f  
numeric_force.f   : get_wig.f ,  set_forces.f ,sgama1.f
dyn_mat.f
diagonalize.f :  dsyev.f  ,zheev.f
smooth.f

      
simpson.f
                          
MODULE
nrtype.f
nrutil.f  
data.f   

FUNCTION
equiva.f
dlexlib.f


计算流程为：
   !==========================================================================
  ! read in run time variables
  !==========================================================================
  !======================================================================
  ! set lattice
  !=====================================================================
  !---------------------------
  ! Number of phonon branches
  !---------------------------
  !===========================
  ! Build a supercell ?
  !===========================
  !=============================================================================
  ! construct the shell of vectors in real space
  !=============================================================================
  !--------------------------
  ! set the list of vectors
  !--------------------------
  !==========================================================
  ! Write the force constant matrix in the file HARMONIC ?
  !==========================================================
  !==========================================================================
  ! calculate the free energy as the sum of frequencies, you must provide
  ! the file 'QPOINTS' which contains the special points of the BZ
  ! IN RECIPROCAL LATTICE COORDINATES
  !=========================================================================
        !==========================================================================
        ! construct the dynamical matrix
        !==========================================================================
        !==========================================================================
        ! diagonalize the dynamical matrix
        !==========================================================================
        !=====================
        ! density of states
        !=====================
           !==========================================================================
           ! the phonon frequencies are the squares of the matrix eigenvalues
           !==========================================================================
           !-----------------------------------------------------------------------
           ! exclude the acustic mode at gamma and any imaginary frequency
           !-----------------------------------------------------------------------
              !                  stop 'negative eigenvalues'
              !----------------------------------------------------------            
     !------------------------------------------------------------
     ! print out thermodynamic quantities and writes file THERMO
     !------------------------------------------------------------
     !---------------------------------
     ! writes density of states files
     !---------------------------------
  !============================================================================
  ! calculate phonon dispersions, written in files FREQ and FREQ?
  !===========================================================================
        !==========================================================================
        ! construct the dynamical matrix
        !==========================================================================
        !==========================================================================
        ! diagonalize the dynamical matrix
        !==========================================================================
           !==========================================================================
           ! the phonon frequencies are the square roots of the matrix eigenvalues
           !==========================================================================

[ Last edited by uuv2010 on 2012-8-12 at 16:24 ]
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-12 16:16:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化工学硕 285求调剂 +23 Wisjxn 2026-04-07 23/1150 2026-04-07 22:55 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂，一志愿郑州大学289分 +16 硕星赴 2026-04-03 16/800 2026-04-07 20:23 by 云民大李老师
[考研] 085600材料与化工专硕329 求调剂 +18 额cc 2026-04-06 19/950 2026-04-07 19:38 by qlm5820
[考研] 085602化学工程268分蹲调剂 +13 月照花林。 2026-04-01 13/650 2026-04-07 17:23 by 蓝云思雨
[考研] 316求调剂 +7 yyx想调剂 2026-04-05 7/350 2026-04-07 14:31 by shdgaomin
[考研] 085600，321分求调剂 +14 大馋小子 2026-04-04 15/750 2026-04-06 22:58 by qlm5820
[考研] 一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂 +15 路痴小琪 2026-04-05 15/750 2026-04-06 09:27 by cql1109
[考研] 085600调剂 +9 东照照照 2026-04-04 9/450 2026-04-05 13:44 by ujn_zhuj
[考研] 0832食品科学与工程学硕282调剂 +6 鱼在水中游a 2026-04-02 9/450 2026-04-05 11:45 by flysky1234
[考研] 311分 22408 求调剂 +3 bing_bot 2026-04-03 3/150 2026-04-05 00:43 by chongya
[考研] 290求调剂 +7 luoziheng 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:17 by lqwchd
[考研] 可跨专业调剂 +3 周的得地 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:21 by barlinike
[考研] 282电子信息0854专硕调剂 +4 202451007219 2026-04-02 6/300 2026-04-04 21:55 by laoshidan
[考研] 本科211，专业085404，293分请求调剂 +5 莲菜就是藕吧 2026-04-04 5/250 2026-04-04 14:08 by 这是一个无聊的�
[考研] 求调剂 +3 农业工程与信息� 2026-04-04 3/150 2026-04-04 12:19 by 舍而后得
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 调剂 +3 osbbx 2026-04-02 3/150 2026-04-03 07:47 by cc8418
[考研] 一志愿陕西师范大学生物学317分 +5 1563日。 2026-04-02 5/250 2026-04-03 06:58 by ilovexiaobin
[考研] 270调剂 +7 maxjxbsk 2026-04-02 7/350 2026-04-02 09:50 by yulian1987
[考研] 265求调剂 +11 yelck 2026-04-01 12/600 2026-04-01 19:12 by 549790059
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭