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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

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[交流] uuv2010的blog已有3人参与

看看应用版面做一个blog是不是可以，呵呵

一、关于DFT计算的知识体系的建立
个人认为如果开一个详细的书单的话，可以是这样（一家之言，欢迎大家批评指正，欢迎大家删改增添）

1 数理基础书单如下：
微积分和数学分析引论（R.柯朗  F. 约翰）
漫画线性代数（挺有趣的一本书，漫画中的人物挺好玩的）
数学物理方法(R.柯朗)（根据 cgq88的推荐发现这套书的确不错，赞）

2.物理化学基础书单如下：
物理化学（傅献彩）
统计力学（李政道）
热力学（王竹溪）（ cgq88推荐，多谢）


3.物理基础书单如下：
量子力学原理（狄拉克）（这本书对于了解量子力学的基本概念有很大的好处）
费曼物理学讲义（1~3）
朗道物理学教程（力学、量子力学、统计物理）（很推崇朗道的教学方法，在学生的基础知识方面严格要求）

4.固体物理基础书单如下：
Introduction to solid state physics(Kittel)
Solid state phycics,(Ashcroft Mermin)(对于学物理的人来说十本好书，特别喜欢这本)
固体物理学（黄昆）

5.凝聚态物理基础书单如下：
表面与界面（霍夫曼）
凝聚态物理学（冯端）
Basic notations of condensed matter physics（Anderson）

6.化学基础书单如下：
量子化学（徐光宪上中下三册）
Quantum Chemistry（Iran Levine）
Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic Structure Theory
（Attila Szabo）

7.群论数目如下：
群论及其在固体物理中的应用（喀兴林）
群论在化学中的应用（科顿） http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21028991.html
物理学中的群论基础(约什)  http://ishare.iask.sina.com.cn/f/21754436.html

8.密度泛函理论书单如下：
Electonic structre（Martin）
PLANEWAVES. PSEUDOPOTENTIALS AND THE LAPW METHOD
Density functional theory of atoms and molecules(杨伟涛)（老爷子仍奋斗在DFT理论发展的前沿ing~）

9.程序类书单如下：
Fortran 程序设计（彭国伦）
Perl语言编程（大骆驼书）
Perl语言入门（小骆驼书）

10.其他需要大家推荐的书单：
从上面的书单可以看出，我推荐的书单中缺少矩阵、热力学、相对论量子力学、场论、拓扑、python程序、C语言、shell语言等方面的书，欢迎大家推荐这些方面经典的入门教材。如果大家有其他认为有助于完善知识体系的书，欢迎推荐！


对于这些书是不是一定要读的问题，个人认为：不了解的地方就找相应的书的部分来看看，另外要尽可能找名家的书来看，这样对于基础概念的了解很有帮助，不至于被一知半解的书给带偏了。

[ Last edited by uuv2010 on 2012-8-8 at 11:26 ]
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1楼2012-08-06 15:36:26
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
看到版上很多人问graphene的坐标的写法，提供给大家，直接保存为car文件，import进MS软件即可看到构型

graphene的坐标
CODE:
!BIOSYM archive 3
PBC=ON
Materials Studio Generated CAR File
!DATE Tue Apr 03 11:51:13 2012
PBC    2.4600    2.4600   10.0000   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)
C1      -0.000000000    1.420281705    5.000000000 XXXX 1      xx      C   0.000
C2       1.230000037    0.710140852    5.000000000 XXXX 1      xx      C   0.000
end
end
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2楼2012-08-06 15:42:41
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
Determining the groundstate energ of atoms
The POTCAR file contains information on the energy of the atom in the reference configuration (i.e. the configuration for which the PP was generated). Total energies calculated by vasp are with respect to this configuration. The reference calculation, however, did not allow for spin-polarisation or broken symmetry solutions, which usually lower the energy for gradient corrected of hybrid functionals. To include these effects properly, it is required to calculate the lowest energy magnetic groundstate using VASP.

Unfortunately convergence to the symmetry broken spin polarized groundstate can be relatively slow in VASP. The following INCAR file worked reasonably well for most elements:

ISYM = 0      # no symmetry
ISPIN = 2     # allow for spin polarisation
VOSKOWN = 1   # this is important, in particular for GGA
               # but not required for PBE potentials
ISMEAR = 0    # Gaussian smearing, otherwise negative occupancies might come up
SIGMA = 0.002 # tiny smearing width to safely break symmetry
AMIX = 0.2    # mixing set manually
BMIX = 0.0001  
NELM = 100    # often many steps are required
ICHARG = 1

Execute VASP twice to three times, consecutively with this input file until energies are converged. Furthermore, we recommend to use large slightly non-cubic cells, i.e. 12 Å$\times$13 Å$\times$14 Å. In some cases, we also found it advantageously to use direct energy minimization instead of charge-density mixing

ALGO = D ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2

or

ALGO = A ; LSUBROT = .FALSE. ; NELM = 500 ; TIME = 0.2

Always check for convergence, and whether all occupancies are 0 or 1.
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3楼2012-08-07 14:39:46
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
DFT计算软件(补充中……)
VASP
http://www.vasp.at/

QE(PWSCF)
http://www.quantum-espresso.org/

Abinit
http://www.abinit.org/

ELK
http://elk.sourceforge.net/
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4楼2012-08-12 15:25:00
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
一个计算声子的软件phon
程序文件为：
phon.f
reader.f: drdatab.f
set_lattice.f :  sgama.f  :  cubicsym.f , hexsym.f   
generate_punti.f
build_supercell.f
get_displ.f  
rshell.f :  hpsort.f  
numeric_force.f   : get_wig.f ,  set_forces.f ,sgama1.f
dyn_mat.f
diagonalize.f :  dsyev.f  ,zheev.f
smooth.f

      
simpson.f
                          
MODULE
nrtype.f
nrutil.f  
data.f   

FUNCTION
equiva.f
dlexlib.f


计算流程为：
   !==========================================================================
  ! read in run time variables
  !==========================================================================
  !======================================================================
  ! set lattice
  !=====================================================================
  !---------------------------
  ! Number of phonon branches
  !---------------------------
  !===========================
  ! Build a supercell ?
  !===========================
  !=============================================================================
  ! construct the shell of vectors in real space
  !=============================================================================
  !--------------------------
  ! set the list of vectors
  !--------------------------
  !==========================================================
  ! Write the force constant matrix in the file HARMONIC ?
  !==========================================================
  !==========================================================================
  ! calculate the free energy as the sum of frequencies, you must provide
  ! the file 'QPOINTS' which contains the special points of the BZ
  ! IN RECIPROCAL LATTICE COORDINATES
  !=========================================================================
        !==========================================================================
        ! construct the dynamical matrix
        !==========================================================================
        !==========================================================================
        ! diagonalize the dynamical matrix
        !==========================================================================
        !=====================
        ! density of states
        !=====================
           !==========================================================================
           ! the phonon frequencies are the squares of the matrix eigenvalues
           !==========================================================================
           !-----------------------------------------------------------------------
           ! exclude the acustic mode at gamma and any imaginary frequency
           !-----------------------------------------------------------------------
              !                  stop 'negative eigenvalues'
              !----------------------------------------------------------            
     !------------------------------------------------------------
     ! print out thermodynamic quantities and writes file THERMO
     !------------------------------------------------------------
     !---------------------------------
     ! writes density of states files
     !---------------------------------
  !============================================================================
  ! calculate phonon dispersions, written in files FREQ and FREQ?
  !===========================================================================
        !==========================================================================
        ! construct the dynamical matrix
        !==========================================================================
        !==========================================================================
        ! diagonalize the dynamical matrix
        !==========================================================================
           !==========================================================================
           ! the phonon frequencies are the square roots of the matrix eigenvalues
           !==========================================================================

[ Last edited by uuv2010 on 2012-8-12 at 16:24 ]
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5楼2012-08-12 16:16:50
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6楼2012-10-05 19:08:47
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sg18408926
7楼2012-10-07 16:30:13
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franch

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遇弱则弱
8楼2012-10-08 13:29:53
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guardian_qq

银虫 (小有名气)
★
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http://www.quantumchemistry.net/ ... title&sort=desc
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9楼2012-10-09 09:20:06
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