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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

[求助] 怎么画出delocalized π occupied orbitals？

请问图片中轨道delocalized π occupied orbitals？怎么用GVIEW画出来呀？感谢。
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1楼 2012-07-26 14:46:12
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2012-07-27 11:15:58
那在GView中用什么功能来画出来呢？比如说homo可以在Vis中画出来，那这个呢？是怎么样的一个程序呀？谢谢啦。...

画对应的电子密度图的步骤：

首先、加关键词output=wfn，得到wfn文件：

其次、要在输出文件的MO系数部分找到你要的delocalized π occupied orbitals那个轨道。该轨道垂直于分子轨道的基组有值且同相位。记住这个轨道的编号；

第三、将得到的wfn文件读入multiwfn，对那个轨道编号的MO作电子密度并得cub文件；

最后、GView读入cub文件，并作图。

[ Last edited by zhou2009 on 2012-7-27 at 11:45 ]
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5楼2012-07-27 11:43:15
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xyz7819227

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
飞行鸟: 金币+1, 感谢参与 2012-07-27 11:16:25
啊。。。还有这个轨道啊，我也不会，坐等高人现身
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海纳百川，有容乃大
2楼2012-07-26 16:46:32
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
飞行鸟: 金币+1, ★有帮助, 很好 2012-07-27 11:14:35
在你计算的各MO中，有一个是这样的完全同相位的π occupied orbitals，没有节面，它是能量最低的π orbitals。把它在GVIEW画出来，调整等值面的值就可以得到，或者这个图本就是delocalized π occupied orbitals对应的电子密度图。

[ Last edited by zhou2009 on 2012-7-26 at 20:47 ]
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3楼2012-07-26 20:35:07
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhou2009 at 2012-07-26 20:35:07
在你计算的各MO中，有一个是这样的完全同相位的π occupied orbitals，没有节面，它是能量最低的π orbitals。把它在GVIEW画出来，调整等值面的值就可以得到，或者这个图本就是delocalized π occupied orbitals对应 ...

那在GView中用什么功能来画出来呢？比如说homo可以在Vis中画出来，那这个呢？是怎么样的一个程序呀？谢谢啦。
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4楼2012-07-27 11:15:58
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lujun2910

木虫 (小有名气)
路过学习。。。
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6楼2012-07-28 08:23:40
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhou2009 at 2012-07-27 11:43:15
画对应的电子密度图的步骤：

首先、加关键词output=wfn，得到wfn文件：

其次、要在输出文件的MO系数部分找到你要的delocalized π occupied orbitals那个轨道。该轨道垂直于分子轨道的基组有值且同相位 ...

很详细，感谢啊。第一步的已经得到，可是我没有用过multiwfn,是GVIEW能直接得到吗？
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7楼2012-07-28 11:27:14
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

multiwfn：

http://multiwfn.codeplex.com
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8楼2012-07-28 11:57:25
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhou2009 at 2012-07-28 11:57:25
multiwfn：

http://multiwfn.codeplex.com

谢谢提供这个软件网址，但是轨道那么多，无法判断出哪个是我要找的用来画出上述图的，对这个未用过的新软件也就无法使用了。如果用GV直接能向HOMO那样可以画出来就好了。
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9楼2012-07-29 17:55:54
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

用GV虽然能直接作出HOMO，但是你所需要的不一定是HOMO。
特别是你所示的图，它就不是HOMO。这时的HOMO出现许多反相位的节面，不是你图示的delocalized π。

特别是有孤对电子时，它可能就是HOMO，它不是delocalized π轨道。

还是要学会看轨道、分析轨道、找到你需要的delocalized π轨道，而不总是HOMO，这里的HOMO不是你需要的delocalized π轨道，因为HOMO有许多反相位的节面。

[ Last edited by zhou2009 on 2012-7-29 at 19:45 ]
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10楼2012-07-29 19:31:25
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