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czcpudai

铜虫 (正式写手)

[求助] NCBI中如何寻找外显子? 因为要跨外显子设计引物做qRT-PCR 已有1人参与

举例说明:
在NCBI中找到“Homo sapiens superoxide dismutase 1, soluble (SOD1), mRNA”,在其显示的桌面的下面出现了:
ORIGIN     
        1 gtttggggcc agagtgggcg aggcgcggag gtctggccta taaagtagtc gcggagacgg
       61 ggtgctggtt tgcgtcgtag tctcctgcag cgtctggggt ttccgttgca gtcctcggaa
      121 ccaggacctc ggcgtggcct agcgagttat ggcgacgaag gccgtgtgcg tgctgaaggg
      181 cgacggccca gtgcagggca tcatcaattt cgagcagaag gaaagtaatg gaccagtgaa
      241 ggtgtgggga agcattaaag gactgactga aggcctgcat ggattccatg ttcatgagtt
      301 tggagataat acagcaggct gtaccagtgc aggtcctcac tttaatcctc tatccagaaa
      361 acacggtggg ccaaaggatg aagagaggca tgttggagac ttgggcaatg tgactgctga
      421 caaagatggt gtggccgatg tgtctattga agattctgtg atctcactct caggagacca
      481 ttgcatcatt ggccgcacac tggtggtcca tgaaaaagca gatgacttgg gcaaaggtgg
      541 aaatgaagaa agtacaaaga caggaaacgc tggaagtcgt ttggcttgtg gtgtaattgg
      601 gatcgcccaa taaacattcc cttggatgta gtctgaggcc ccttaactca tctgttatcc
      661 tgctagctgt agaaatgtat cctgataaac attaaacact gtaatcttaa aagtgtaatt
      721 gtgtgacttt ttcagagttg ctttaaagta cctgtagtga gaaactgatt tatgatcact
      781 tggaagattt gtatagtttt ataaaactca gttaaaatgt ctgtttcaat gacctgtatt
      841 ttgccagact taaatcacag atgggtatta aacttgtcag aatttctttg tcattcaagc
      901 ctgtgaataa aaaccctgta tggcacttat tatgaggcta ttaaaagaat ccaaattcaa
      961 actaaaaaaa aaaaaaaaaa a
”我想问一下这段序列是不是应该指的是所有外显子连接再一起的序列???
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_000454.4这是一个连接!大家帮忙解释一下!
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大白乖乖

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
渊博震天: 金币+3, 鼓励积极回帖交流 2018-07-06 09:01:22
https://wenku.baidu.com/view/30e7507d0722192e4436f64e.html
两个外显子之间含一个内含子,荧光定量引物扩增的时候可以说跨两个外显子也可以说跨一个内含子,就是将上下游引物设计在不同外显子区域。CDS是指编码蛋白质的序列,是由编码蛋白质的外显子拼接起来的,而mRNA序列不一定编码蛋白。
2楼2018-07-05 16:16:44
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