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tornadozyb

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[求助] 如何用ms,1.求一个分子链的整体的体积,2.支链的体积，3.调整到最低能量的分子构象？

如题，如何用material studio
1.求一个分子链的整体的体积,
2.支链的体积，
3.调整到最低能量的分子构象？
求帮助，谢了

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1楼2012-07-25 19:06:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

yadong80

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-27 12:56:58
tornadozyb: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢，那这个情况下的电子密度用哪个modules？ 2012-08-02 17:56:41

你准备以什么半径来定义分子体积？原子的范德华半径？
你可以在tool中看看atom volumes & surfaces，如果确认了半径，就可以做出isoface，那么isoface所包围的体积可以在analysis中看到，或者properties explorer中的isoface选项里也会有数值。支链体积可以参照获取，只不过需要先选择支链原子。
最低能量的分子构象得通过分子动力学，譬如forcite plus中的aneal和qunch都可以对构想进行研究，或者直接用conformer，利用类似MC的方法研究低能构想。