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zxy964777869铜虫 (正式写手)
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[求助]
水在纳米管内部扩散的轴向均方位移计算 VMD代码
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这两天想学习一下tcl命令，所以就拿我以前做过的纳米管作为水通道例子的轨迹来分析水在管内的扩散系数。附件是我写的tcl命令，参照一篇硕士论文：http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10423-1011229542.htm中的代码,他的大致思想是这样的：假如有1000帧（时长1ns，一帧间隔1ps）的模拟轨迹,先选取第650帧，通过几何关系选定在纳米管内部的所有H、O原子（不是分子）,假如有5个这样的原子（一个O，四个H），并得到这些原子的索引号（假设为0、1、2、3、4）以及其Z轴坐标（有5个值）。对651帧，选定这5个索引的原子,得到他们的Z轴坐标。此刻相应的用651帧的Z轴坐标减去650帧相同索引号的原子的Z轴坐标，取平方值，对这5个原子的平方值相加取平均，得到1ps点的均方位移。同样的选取652帧的索引为0、1、2、3、4原子的Z轴坐标，减去650帧的索引为0、1、2、3、4的原子的Z坐标，取平方并平均得到2ps点的均方位移...........依次类推，选取1000帧的索引为0-4的原子得到z轴坐标，减去650帧时的坐标取平方并平均，得到350ps点的均方位移值，对不同时间点的位移值作图得到斜率，进而求扩散系数。 对比着写了一段代码，发现输出数据不是一条直线，而是没有规律的一群数字，所以在此向各位高手请教，以上面的路子计算的均方位移可靠么？ |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : cnt3.tcl
2012-07-23 14:56:33, 1.08 K
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