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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何寻找一个20-60个氨基酸寻列的多肽其中含有-ARR-这个结构
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chi247

木虫 (小有名气)

[交流] 如何寻找一个20-60个氨基酸寻列的多肽其中含有-ARR-这个结构

各位大侠

我需要寻找一个20-60个氨基酸寻列的多肽其中含有-ARR-这个结构，我如何去搜索，我对这种搜索一窍不通。
而且我还想知道这个这些蛋白是什么？有什么用？
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1楼2012-07-20 17:53:55
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
chi247(金币+1): 谢谢参与
http://wenku.baidu.com/view/2a25a0e9b8f67c1cfad6b8d5.html
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2楼2012-07-20 19:37:55
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hugh_hang

至尊木虫 (正式写手)
★ ★ ★
chi247(金币+1): 谢谢参与
yqbter: 金币+2, 鼓励发帖！ 2012-07-21 15:55:38
你有这个序列还是提到了这种物质？
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3楼2012-07-20 21:55:27
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547star

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
chi247(金币+1): 谢谢参与
chi247: 金币+2 2012-07-21 09:41:07
http://prosite.expasy.org/scanprosite/
先建立自己的FASTA序列库TXT文件,然后在Motif(s) to scan for:分析框中输入A-R-R，再选择自己电脑上的序列库文件上传得，得到一个编号，输入为搜索库名，然后进行SCAN.不要选择默认的库，否则会花很多时间搜索网站的库中的序列。
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5楼2012-07-20 23:51:22
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
chi247(金币+1): 谢谢参与
yqbter: 金币+2, 鼓励发帖！ 2012-07-21 15:55:50
写个perl小程序，用RE来找 /ARR/

蛋白功能，可以做个BLAST，去www.uniprot.org
或者找序列中的MOTIF，http://www.genome.jp/tools/motif/ 这个是个综合网站，可以同时找PROSITE, PRINTS, Prodom,Pfam,BLOCKS等
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6楼2012-07-21 03:24:02
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chi247

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hugh_hang at 2012-07-20 21:55:27
你有这个序列还是提到了这种物质？

想寻找这样一个序列的多肽，其他人的回答均不具体，我还是不知道怎么去寻找，而编程的我又不会做
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7楼2012-07-21 08:21:07
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hugh_hang

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chi247 at 2012-07-21 08:21:07
想寻找这样一个序列的多肽，其他人的回答均不具体，我还是不知道怎么去寻找，而编程的我又不会做...

去http://www.ncbi.nlm.nih.gov，点右边BLAST，选protein blast，把你的序列放进去，点"BLAST"，就可以知道你的序列是什么蛋白了
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8楼2012-07-21 12:54:05
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strive1231234楼
2012-07-20 22:41   回复  
chi247(金币+1): 谢谢参与
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