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chi247

木虫 (小有名气)


[交流] 如何寻找一个20-60个氨基酸寻列的多肽其中含有-ARR-这个结构

各位大侠

我需要寻找一个20-60个氨基酸寻列的多肽其中含有-ARR-这个结构,我如何去搜索,我对这种搜索一窍不通。
而且我还想知道这个这些蛋白是什么?有什么用?
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userhung

禁虫 (文学泰斗)


2楼2012-07-20 19:37:55
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hugh_hang

至尊木虫 (正式写手)


★ ★ ★
chi247(金币+1): 谢谢参与
yqbter: 金币+2, 鼓励发帖! 2012-07-21 15:55:38
你有这个序列还是提到了这种物质?
3楼2012-07-20 21:55:27
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547star

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
chi247(金币+1): 谢谢参与
chi247: 金币+2 2012-07-21 09:41:07
http://prosite.expasy.org/scanprosite/
先建立自己的FASTA序列库TXT文件,然后在Motif(s) to scan for:分析框中输入A-R-R,再选择自己电脑上的序列库文件上传得,得到一个编号,输入为搜索库名,然后进行SCAN.不要选择默认的库,否则会花很多时间搜索网站的库中的序列。
5楼2012-07-20 23:51:22
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★ ★ ★
chi247(金币+1): 谢谢参与
yqbter: 金币+2, 鼓励发帖! 2012-07-21 15:55:50
写个perl小程序,用RE来找 /ARR/

蛋白功能,可以做个BLAST,去www.uniprot.org
或者找序列中的MOTIF,http://www.genome.jp/tools/motif/ 这个是个综合网站,可以同时找PROSITE, PRINTS, Prodom,Pfam,BLOCKS等
6楼2012-07-21 03:24:02
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chi247

木虫 (小有名气)


引用回帖:
3楼: Originally posted by hugh_hang at 2012-07-20 21:55:27
你有这个序列还是提到了这种物质?

想寻找这样一个序列的多肽,其他人的回答均不具体,我还是不知道怎么去寻找,而编程的我又不会做
7楼2012-07-21 08:21:07
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hugh_hang

至尊木虫 (正式写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by chi247 at 2012-07-21 08:21:07
想寻找这样一个序列的多肽,其他人的回答均不具体,我还是不知道怎么去寻找,而编程的我又不会做...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov,点右边BLAST,选protein blast,把你的序列放进去,点"BLAST",就可以知道你的序列是什么蛋白了
8楼2012-07-21 12:54:05
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简单回复
2012-07-20 22:41   回复  
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