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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 酶蛋白跑md跑多长时间合适，请教各位大神指点
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870609

金虫 (小有名气)

[交流] 酶蛋白跑md跑多长时间合适，请教各位大神指点

rt，打算给同源建模得到的酶蛋白跑个md然后做底物对接，不知道现在此类期刊上对md时间长度是否有要求？最短要跑多少？希望各位投过此类杂志有经验的大神们给个建议，谢谢。

[ Last edited by 870609 on 2012-7-20 at 15:11 ]
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1楼 2012-07-20 09:36:04
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bianliang555551

木虫 (正式写手)
★
870609(金币+1): 谢谢参与
肯定是时间越长越好
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3楼2012-07-20 13:13:25
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870609

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bianliang555551 at 2012-07-20 13:13:25
肯定是时间越长越好

最短得跑多少ns？
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4楼2012-07-20 15:10:38
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
870609(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-23 10:28:46
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870609 at 2012-07-20 15:10:38
最短得跑多少ns？...

看你的文章是纯模拟还是模拟加实验了~模拟加实验的文章要求不一定会特别高，10ns左右就差不多了
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5楼2012-07-20 16:35:07
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houxuben

木虫 (正式写手)
★
870609(金币+1): 谢谢参与
不同期刊要求不一样，我都见有的期刊接受500ps的动力学。。。要想发高水平的就得尽量长了，而且分析得到位，看最近的文章，跑多个体系到5ns以上，或者一个体系10ns以上。不过同源模建得到的结构跑动力学听说经常被拒，不知道真假
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6楼2012-07-21 00:13:40
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870609

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by houxuben at 2012-07-21 00:13:40
不同期刊要求不一样，我都见有的期刊接受500ps的动力学。。。要想发高水平的就得尽量长了，而且分析得到位，看最近的文章，跑多个体系到5ns以上，或者一个体系10ns以上。不过同源模建得到的结构跑动力学听说经常被拒 ...

请问以09，10,11年的相关文章作为参考是否有价值？我是新手实验室之前都没有人做过这方面的研究，我只想发篇文章保毕业，低一点没关系，能否推荐几个适合我这样新手投的杂志？谢谢
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7楼2012-07-21 09:54:37
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
870609: 金币+3, 谢谢指点 2012-07-21 18:01:53
引用回帖:
7楼: Originally posted by 870609 at 2012-07-21 09:54:37
请问以09，10,11年的相关文章作为参考是否有价值？我是新手实验室之前都没有人做过这方面的研究，我只想发篇文章保毕业，低一点没关系，能否推荐几个适合我这样新手投的杂志？谢谢...

当然有参考价值了~低一点的话有http://www.journals.elsevier.com ... logy-and-chemistry/
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8楼2012-07-21 17:08:42
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houxuben

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
870609: 金币+3, 谢谢热心指点 2012-07-22 18:27:45
引用回帖:
7楼: Originally posted by 870609 at 2012-07-21 09:54:37
请问以09，10,11年的相关文章作为参考是否有价值？我是新手实验室之前都没有人做过这方面的研究，我只想发篇文章保毕业，低一点没关系，能否推荐几个适合我这样新手投的杂志？谢谢...

你去搜搜 Molecular dynamic 看看都哪些期刊接受吧，可以试试Journal of molecular modelling
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9楼2012-07-22 00:21:30
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乖小孩儿2楼
2012-07-20 12:51   回复  
870609(金币+1): 谢谢参与
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