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汕头大学海洋科学接受调剂
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] 坐标文件判断是fcc，hcp，bcc，sc等结构的算法或者方法

用towhee模拟ar气低温在界面上的成核行为。出来的结果文件是pdb格式的坐标文件。现在想知道这些原子中哪些部分是固体，哪些部分是液体。还有事固体的怎么来判断结构是fcc还是hcp或者bcc之类的，有什么编程的算法，或者是已有的 软件可以判断吗？总感觉用可视化软件直接看的话不是很靠谱啊
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1楼 2012-07-17 11:57:25
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lr553104284

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-20 21:01:51
引用回帖:
10楼: Originally posted by lzl8181 at 2012-07-18 23:31:14
老兄，能否阐明一下pair analysis的编程思路？是从lammps的哪些输出数据进行编程的？

这个不是一两句话能讲清楚的。还是要看文献的！！！但pair analysis和lammps没有必然的联系！当然，你也可以从lammps的输出文件中提炼出原子的位置坐标，并用PA法分析。
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13楼2012-07-20 17:47:31
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lr553104284

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-17 21:10:37
zhang_jaj: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢，我先自己了解下再请教你 2012-07-18 11:58:16
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。
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2楼2012-07-17 21:05:39
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lzl8181

铁杆木虫 (著名写手)

单身浏览汉
引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。

老兄，小弟编程能力太低，请问有没有相关软件来做这几种分析？特别是Pair Analysis。
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版权乜有，盗用不究！
3楼2012-07-18 11:27:05
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下：Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查，希望对你有所帮助。

你应该比较了解这三种方法吧，能不能简单的点评下这一种方法的适用体系，优劣势，非常感谢！
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4楼2012-07-18 12:03:31
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