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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] 坐标文件判断是fcc,hcp,bcc,sc等结构的算法或者方法

用towhee模拟ar气低温在界面上的成核行为。出来的结果文件是pdb格式的坐标文件。现在想知道这些原子中哪些部分是固体,哪些部分是液体。还有事固体的怎么来判断结构是fcc还是hcp或者bcc之类的,有什么编程的算法,或者是已有的 软件可以判断吗?总感觉用可视化软件直接看的话不是很靠谱啊
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lr553104284

金虫 (小有名气)

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-20 21:01:51
引用回帖:
10楼: Originally posted by lzl8181 at 2012-07-18 23:31:14
老兄,能否阐明一下pair analysis的编程思路?是从lammps的哪些输出数据进行编程的?

这个不是一两句话能讲清楚的。还是要看文献的!!!但pair analysis和lammps没有必然的联系!当然,你也可以从lammps的输出文件中提炼出原子的位置坐标,并用PA法分析。
13楼2012-07-20 17:47:31
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lr553104284

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-17 21:10:37
zhang_jaj: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢,我先自己了解下再请教你 2012-07-18 11:58:16
大致有三种比较流行的方法如下:Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查,希望对你有所帮助。
2楼2012-07-17 21:05:39
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lzl8181

铁杆木虫 (著名写手)

单身浏览汉

引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下:Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查,希望对你有所帮助。

老兄,小弟编程能力太低,请问有没有相关软件来做这几种分析?特别是Pair Analysis。
版权乜有,盗用不究!
3楼2012-07-18 11:27:05
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-07-17 21:05:39
大致有三种比较流行的方法如下:Pair Analysis, Voronoi Polyhedron, Bond Orientational Order Parameter!可以网上查一查,希望对你有所帮助。

你应该比较了解这三种方法吧,能不能简单的点评下这一种方法的适用体系,优劣势,非常感谢!
4楼2012-07-18 12:03:31
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