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迷路的游侠

木虫 (正式写手)

[求助] 纳米线建模的一点儿问题

菜鸟想请教各位大神,纳米线建模时截面的形状如何确定?方形或圆柱的都可以?是不是有些体系删完多余原子后就不需要加H就钝化了(无悬挂键)?还有一个问题是导出到VASP时POSCAR里的a、b、c要如何写?问题有点多,希望各位大神能耐心讲解,多谢!
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hanbo528

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 迷路的游侠 at 2012-07-17 10:38:41
我有个疑惑就是,nanowire在C轴是无限长的,因为只取了一层所以C<a,b;但实际上是C》a,b的;这样对计算没影响吗?...

一般是不会有影响的,如果你C轴较小,建议你做一个测试:比如某分子在纳米线上的吸附能大小。
首先做一个C轴较短的模型,计算吸附能,记为E1
然后C轴加倍,再次计算吸附能,记为E2
比较E1和E2的差别,如果不大,就可以选取简单的模型计算(即,较短的C轴)。如果差别大,那么就意味着C轴太小导致了吸附分子与其镜像之间距离太小,发生了一定的相互作用,导致计算的吸附能不准确了。那么就要用较大的C轴作为计算模型了。
当然,你可以继续加长C轴进行测试,一般C轴长度10A左右就足够避免上述镜像之间的相互作用了。

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4楼2012-07-17 10:49:19
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hanbo528

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-07-16 11:43:01
迷路的游侠: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-07-17 10:40:58
迷路的游侠: 金币+2 2012-07-17 10:55:26
1. 截面形状是方是圆,取决于你研究的体系,一般来说,圆形比较合适,因为对称性高,各个方向的受力容易平衡。
2. 如果是周期性体系,不需要加氢钝化。因为他们在纳米线的长度方向上是没有悬挂键的。
3. POSCAR的格式请参考VASP手册,如果使用的晶胞的三个晶轴互相垂直(90度),那么POSCAR里面对应晶胞的那几行可以写为:

1.0
a   0   0
0  b    0
0   0   c
2楼2012-07-16 11:33:01
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迷路的游侠

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-16 11:33:01
1. 截面形状是方是圆,取决于你研究的体系,一般来说,圆形比较合适,因为对称性高,各个方向的受力容易平衡。
2. 如果是周期性体系,不需要加氢钝化。因为他们在纳米线的长度方向上是没有悬挂键的。
3. POSCAR的 ...

我有个疑惑就是,nanowire在C轴是无限长的,因为只取了一层所以C
3楼2012-07-17 10:38:41
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迷路的游侠

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-17 10:49:19
一般是不会有影响的,如果你C轴较小,建议你做一个测试:比如某分子在纳米线上的吸附能大小。
首先做一个C轴较短的模型,计算吸附能,记为E1
然后C轴加倍,再次计算吸附能,记为E2
比较E1和E2的差别,如果不大, ...

谢谢
5楼2012-07-17 10:54:50
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