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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 纳米线建模的一点儿问题
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迷路的游侠

木虫 (正式写手)

[求助] 纳米线建模的一点儿问题

菜鸟想请教各位大神，纳米线建模时截面的形状如何确定？方形或圆柱的都可以？是不是有些体系删完多余原子后就不需要加H就钝化了（无悬挂键）？还有一个问题是导出到VASP时POSCAR里的a、b、c要如何写？问题有点多，希望各位大神能耐心讲解，多谢！
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1楼 2012-07-16 10:30:38
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hanbo528

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-07-16 11:43:01
迷路的游侠: 金币+8, ★★★很有帮助 2012-07-17 10:40:58
迷路的游侠: 金币+2 2012-07-17 10:55:26
1. 截面形状是方是圆，取决于你研究的体系，一般来说，圆形比较合适，因为对称性高，各个方向的受力容易平衡。
2. 如果是周期性体系，不需要加氢钝化。因为他们在纳米线的长度方向上是没有悬挂键的。
3. POSCAR的格式请参考VASP手册，如果使用的晶胞的三个晶轴互相垂直（90度），那么POSCAR里面对应晶胞的那几行可以写为：

1.0
a   0   0
0  b    0
0   0   c
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2楼2012-07-16 11:33:01
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迷路的游侠

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-16 11:33:01
1. 截面形状是方是圆，取决于你研究的体系，一般来说，圆形比较合适，因为对称性高，各个方向的受力容易平衡。
2. 如果是周期性体系，不需要加氢钝化。因为他们在纳米线的长度方向上是没有悬挂键的。
3. POSCAR的 ...

我有个疑惑就是，nanowire在C轴是无限长的，因为只取了一层所以C
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3楼2012-07-17 10:38:41
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hanbo528

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 迷路的游侠 at 2012-07-17 10:38:41
我有个疑惑就是，nanowire在C轴是无限长的，因为只取了一层所以C<a，b；但实际上是C》a，b的；这样对计算没影响吗？...

一般是不会有影响的，如果你C轴较小，建议你做一个测试：比如某分子在纳米线上的吸附能大小。
首先做一个C轴较短的模型，计算吸附能，记为E1
然后C轴加倍，再次计算吸附能，记为E2
比较E1和E2的差别，如果不大，就可以选取简单的模型计算（即，较短的C轴）。如果差别大，那么就意味着C轴太小导致了吸附分子与其镜像之间距离太小，发生了一定的相互作用，导致计算的吸附能不准确了。那么就要用较大的C轴作为计算模型了。
当然，你可以继续加长C轴进行测试，一般C轴长度10A左右就足够避免上述镜像之间的相互作用了。
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迷路的游侠
4楼2012-07-17 10:49:19
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迷路的游侠

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by hanbo528 at 2012-07-17 10:49:19
一般是不会有影响的，如果你C轴较小，建议你做一个测试：比如某分子在纳米线上的吸附能大小。
首先做一个C轴较短的模型，计算吸附能，记为E1
然后C轴加倍，再次计算吸附能，记为E2
比较E1和E2的差别，如果不大， ...

谢谢
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5楼2012-07-17 10:54:50
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