应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » TiO2优化
51/1返回列表
查看: 1064  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yanglina062

银虫 (小有名气)

[求助] TiO2优化

哪位高手帮我解决一下这个问题吧，不胜感激！用QUANTUM espresso 优化TiO2，不管如何调整构型，总是出现同样的错误，输入输出文件如下：
输入文件：
&CONTROL
  calculation  = 'relax',
  prefix       = 'tio2-opt',
  pseudo_dir   = '/home/yanglina/espresso-4.3.2/pseudo-new',
  outdir       = '/scratch/yanglina/',
  nstep        = 300
  forc_conv_thr= 1.0D-3
  tprnfor      = .TRUE
  etot_conv_thr= 1.0D-4
/
&SYSTEM
  ibrav     = 6,
  celldm(1) = 66.1404,
  celldm(3) = 1.7143,
  nat       = 114,
  ntyp      = 2,
  ecutwfc   = 50.D0,
  ecutrho   = 400.D0,
/
&ELECTRONS
  conv_thr    = 1.D-7,
  mixing_beta = 0.7D0,
/
&EE
  which_compensation='martyna-tuckerman'
/
&IONS
/
ATOMIC_SPECIES      
       O     15.9989995956  O.pbe-van_ak.UPF
      Ti     47.9000015259  Ti.pbe-sp-van_ak.UPF
ATOMIC_POSITIONS {crystal}
  O   0.4631929382140079   0.2905623975498066   0.5324242920696773
  O   0.4238015295661982   0.2905623975498066   0.4734759659588378
  O   0.3991900973544585   0.3449052532757761   0.5471693049887855
  O   0.3577843786872920   0.3992481090017457   0.5226926496644853
  O   0.4631929382140079   0.3992481090017457   0.5324242920696773
  O   0.4217872331707601   0.3449052532757762   0.5079476367453772
  O   0.4660986748647473   0.3449052532757762   0.4637326251486978
  O   0.4238015295661982   0.3992481090017457   0.4734759659588378
  O   0.3577843786872920   0.5079338340776037   0.5226926496644853
  O   0.4631929382140079   0.5079338340776036   0.5324242920696772
  O   0.3597986614588112   0.4535909647277153   0.4882109652976235
  O   0.4217872331707601   0.4535909647277154   0.5079476367453772
  O   0.4660986748647473   0.4535909647277154   0.4637326251486978
  O   0.4238015295661982   0.5079338340776036   0.4734759659588378
  O   0.3991900973544585   0.5622766761796547   0.5471693049887855
  O   0.3577843786872920   0.6166195455295433   0.5226926496644853
  O   0.4631929382140079   0.6166195455295433   0.5324242920696772
  O   0.3597986614588112   0.5622766761796547   0.4882109652976235
  O   0.4217872331707601   0.5622766761796547   0.5079476367453772
  O   0.4660986748647473   0.5622766761796548   0.4637326251486978
  O   0.4238015295661982   0.6166195455295433   0.4734759659588378
  O   0.3991900973544585   0.6709623876315939   0.5471693049887855
  O   0.3597986614588112   0.6709623876315939   0.4882109652976235
  O   0.4217872331707601   0.6709623876315939   0.5079476367453772
  O   0.4660986748647473   0.6709623876315939   0.4637326251486978
  O   0.5468929547806932   0.2905623975498066   0.5471693049887855
  O   0.6531900935397614   0.2905623975498066   0.5226926496644853
  O   0.5075015188850457   0.2905623975498066   0.4882109652976235
  O   0.5694901042209138   0.2905623975498066   0.5079476367453772
  O   0.6138015186670633   0.2905623975498066   0.4637326251486978
  O   0.5301015293482156   0.2905623975498066   0.4489976258099120
  O   0.5063358018963462   0.3490624013645038   0.5227159828960933
  O   0.6531900935397614   0.3992481090017457   0.5226926496644853
  O   0.6108958092641615   0.3449052532757762   0.5324242920696772
  O   0.6552043626873619   0.3449052532757762   0.4882109652976235
  O   0.5075015188850457   0.3992481090017457   0.4882109652976235
  O   0.7171929752710673   0.3449052532757762   0.5079476367453772
  O   0.5694901042209138   0.3992481090017457   0.5079476367453772
  O   0.6138015186670633   0.3992481090017457   0.4637326251486978
  O   0.5715043733685142   0.3449052532757762   0.4734759659588378
  O   0.7192072444186678   0.3992481090017457   0.4734759659588378
  O   0.6778043731505317   0.3449052532757762   0.4489976258099120
  O   0.5301015293482156   0.3992481090017457   0.4489976258099120
  O   0.5468929547806932   0.5079338340776036   0.5471693049887855
  O   0.5055500832509778   0.4578424039584980   0.5222476334393061
  O   0.6531900935397614   0.5079338340776037   0.5226926496644853
  O   0.6108958092641615   0.4535909647277154   0.5324242920696772
  O   0.6552043626873619   0.4535909647277154   0.4882109652976235
  O   0.5075015188850457   0.5079338340776036   0.4882109652976235
  O   0.7171929752710673   0.4535909647277154   0.5079476367453772
  O   0.5694901042209138   0.5079338340776036   0.5079476367453772
  O   0.6138015186670633   0.5079338340776037   0.4637326251486978
  O   0.5715043733685142   0.4535909647277154   0.4734759659588378
  O   0.7192072444186678   0.5079338340776037   0.4734759659588378
  O   0.6778043731505317   0.4535909647277154   0.4489976258099120
  O   0.5468929547806932   0.6166195455295433   0.5471693049887855
  O   0.5054872224896079   0.5622766761796548   0.5226926496644853
  O   0.6531900935397614   0.6166195455295433   0.5226926496644853
  O   0.6108958092641615   0.5622766761796548   0.5324242920696772
  O   0.6552043626873619   0.5622766761796548   0.4882109652976235
  O   0.5075015188850457   0.6166195455295433   0.4882109652976235
  O   0.7171929752710673   0.5622766761796548   0.5079476367453772
  O   0.5694901042209138   0.6166195455295433   0.5079476367453772
  O   0.6138015186670633   0.6166195455295433   0.4637326251486978
  O   0.5715043733685142   0.5622766761796548   0.4734759659588378
  O   0.7192072444186678   0.6166195455295433   0.4734759659588378
  O   0.5301015293482156   0.6166195455295433   0.4489976258099120
  O   0.5054872224896079   0.6709623876315939   0.5226926496644853
  O   0.6108958092641615   0.6709623876315940   0.5324242920696772
  O   0.6552043626873619   0.6709623876315938   0.4882109652976235
  O   0.7171929752710673   0.6709623876315939   0.5079476367453772
  O   0.5715043733685142   0.6709623876315940   0.4734759659588378
  O   0.6778043731505317   0.6709623876315939   0.4489976258099120
  O   0.3594100936705509   0.3456423958386424   0.4865026484946451
  O   0.5484786699383385   0.4026766907844955   0.5465642940024573
  O   0.5315443840932631   0.5075909745369369   0.4485159567018391
Ti   0.3686386637912261   0.3449052532757761   0.5201909711976883
Ti   0.4523386531100738   0.3449052532757762   0.5349259705364742
Ti   0.3686386637912261   0.4535909647277153   0.5201909711976883
Ti   0.4129501054852133   0.4535909647277154   0.4759759596010090
Ti   0.3686386637912261   0.5622766761796547   0.5201909711976883
Ti   0.4523386531100738   0.5622766761796547   0.5349259705364742
Ti   0.4129501054852133   0.5622766761796547   0.4759759596010090
Ti   0.3686386637912261   0.6709623876315939   0.5201909711976883
Ti   0.4523386531100738   0.6709623876315939   0.5349259705364742
Ti   0.4129501054852133   0.6709623876315939   0.4759759596010090
Ti   0.5163415075935420   0.2905623975498066   0.5201909711976883
Ti   0.6000415241602274   0.2905623975498066   0.5349259705364742
Ti   0.4769529599686815   0.2905623975498066   0.4612309784710448
Ti   0.5606529492875293   0.2905623975498066   0.4759759596010090
Ti   0.6640443786436956   0.3449052532757762   0.5201909711976883
Ti   0.6000415241602274   0.3992481090017457   0.5349259705364742
Ti   0.6246558037709975   0.3449052532757762   0.4612309784710448
Ti   0.4769529599686815   0.3992481090017457   0.4612309784710448
Ti   0.7083557930898452   0.3449052532757762   0.4759759596010090
Ti   0.5606529492875293   0.3992481090017457   0.4759759596010090
Ti   0.6640443786436956   0.4535909647277154   0.5201909711976883
Ti   0.5172615308304979   0.5112509585806032   0.5200176249961096
Ti   0.6000415241602274   0.5079338340776037   0.5349259705364742
Ti   0.6246558037709975   0.4535909647277154   0.4612309784710448
Ti   0.4769529599686815   0.5079338340776036   0.4612309784710448
Ti   0.7083557930898452   0.4535909647277154   0.4759759596010090
Ti   0.6640443786436956   0.5622766761796548   0.5201909711976883
Ti   0.5163415075935420   0.6166195455295433   0.5201909711976883
Ti   0.6000415241602274   0.6166195455295433   0.5349259705364742
Ti   0.4769529599686815   0.6166195455295433   0.4612309784710448
Ti   0.7083557930898452   0.5622766761796548   0.4759759596010090
Ti   0.5606529492875293   0.6166195455295433   0.4759759596010090
Ti   0.6640443786436956   0.6709623876315938   0.5201909711976883
Ti   0.6246558037709975   0.6709623876315938   0.4612309784710448
Ti   0.7083557930898452   0.6709623876315939   0.4759759596010090
Ti   0.4108243654339437   0.3455795418892318   0.4733992905437988
Ti   0.5159815091630173   0.4032795355677334   0.5204842896282710
Ti   0.5634472422824373   0.5067395341072493   0.4749509822348795
K_POINTS {Gamma}
   输出文件：
number of k points=     1
                       cart. coord. in units 2pi/alat
        k(    1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000), wk =   2.0000000

     Dense  grid: 33504281 G-vectors     FFT dimensions: ( 432, 432, 729)

     Smooth grid: 11845518 G-vectors     FFT dimensions: ( 300, 300, 512)

     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Kohn-Sham Wavefunctions      1717.27 Mb     ( 246805,  456)
        NL pseudopotentials          4865.60 Mb     ( 246805, 1292)
        Each V/rho on FFT grid        347.41 Mb     (*******)
        Each G-vector array            42.60 Mb     (5584044)
        G-vector shells                13.39 Mb     (1754943)
     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Auxiliary wavefunctions      3434.54 Mb     ( 246805, 1824)
        Each subspace H/S matrix       25.38 Mb     (1824,1824)
        Each matrix      4.49 Mb     (   1292,  456)
        Arrays for rho mixing       -1316.69 Mb     (*******,   8)

     Initial potential from superposition of free atoms
     Check: negative starting charge=   -0.868254

     starting charge  873.99821, renormalised to  912.00000

     negative rho (up, down):  0.906E+00 0.000E+00
     Starting wfc are  684 atomic wfcs
rank 0 in job 1  c12_45510   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9
回复此楼

» 猜你喜欢
come on!
1楼 2012-07-06 16:01:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanglina062

银虫 (小有名气)
???????:
2?: Originally posted by souledge at 2012-07-06 16:41:49
??????????????????????????????????????????汾???????????????????????????С?????????????????????????LZ?????????????????????????????????
&EE
  which_ ...

您好，这个软件我刚接触，我是先用它算的苯环的相关性质，正常结???了的。您说我这个内存严????足，那我在命令部分哪儿???以定义内存呢？是??是得???几个GB了？谢谢啦??
赞一下 回复此楼
come on!
3楼2012-07-07 10:34:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
xueht987: 金币+2, 专家考核, 多谢指教！ 2012-07-07 12:31:03
没有详细的报错信息，个人猜测（仅仅是猜测），一是可能编译的版本有问题，容易产生计算错误，建议先用小体系尝试一下～二是内存严重不足，LZ的体系非常大，并且对称性低，需要的内存很多～至于
CODE:
&EE
  which_compensation='martyna-tuckerman'

这一段～这是老版本支持的参数吧～现在是直接在&system中assume_isolated中……不过这个不会是出错的理由～
赞一下 回复此楼
思想重于技巧，内涵重于表象
2楼2012-07-06 16:41:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

frank_zhan

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yanglina062: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢指点，作业交到胖节点已经正常计算了！ 2012-07-11 10:44:22
我觉得内存不够是最有可能的。建议可以第一将celldm(3)减小一些，同时将ecutwfc减小一些。
赞一下 回复此楼
frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
4楼2012-07-07 14:47:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +32 医学老男孩 2026-08-13 72/3600 2026-08-16 13:15 by 医学老男孩
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭