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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 请教VASP如何在NEB计算之后做指前因子计算？
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04nylxb

木虫 (正式写手)

[求助] 请教VASP如何在NEB计算之后做指前因子计算？ 已有1人参与

各位虫友，请教下如何做基元反应的指前因子计算？
我已经用NEB算得各个基元反应的过渡态TS，然后用IBRION=5算得了初态IS和过渡态TS的振动频率，请教下我下一步想计算这个基元反应的指前因子该如何进行？
TS的振动频率如下：
1 f  =   92.530571 THz   581.386727 2PiTHz 3086.487540 cm-1   382.675821 meV
   2 f  =   91.000622 THz   571.773770 2PiTHz 3035.453918 cm-1   376.348456 meV
   3 f  =   89.696792 THz   563.581563 2PiTHz 2991.962823 cm-1   370.956245 meV
   4 f  =   88.963609 THz   558.974842 2PiTHz 2967.506488 cm-1   367.924045 meV
   5 f  =   44.392522 THz   278.926444 2PiTHz 1480.775110 cm-1   183.592781 meV
   6 f  =   42.647691 THz   267.963345 2PiTHz 1422.573802 cm-1   176.376736 meV
   7 f  =   42.237132 THz   265.383728 2PiTHz 1408.879031 cm-1   174.678800 meV
   8 f  =   40.467210 THz   254.262976 2PiTHz 1349.840772 cm-1   167.358986 meV
   9 f  =   39.998633 THz   251.318822 2PiTHz 1334.210736 cm-1   165.421108 meV
  10 f  =   38.207470 THz   240.064615 2PiTHz 1274.463979 cm-1   158.013452 meV
  11 f  =   37.127631 THz   233.279783 2PiTHz 1238.444413 cm-1   153.547593 meV
  12 f  =   35.446291 THz   222.715615 2PiTHz 1182.360961 cm-1   146.594129 meV
  13 f  =   29.415898 THz   184.825541 2PiTHz  981.208725 cm-1   121.654421 meV
  14 f  =   28.736996 THz   180.559870 2PiTHz  958.562973 cm-1   118.846705 meV
  15 f  =   26.972091 THz   169.470646 2PiTHz  899.692087 cm-1   111.547642 meV
  16 f  =   24.210747 THz   152.120609 2PiTHz  807.583565 cm-1   100.127637 meV
  17 f  =   19.444098 THz   122.170872 2PiTHz  648.585283 cm-1    80.414355 meV
  18 f  =   16.126666 THz   101.326829 2PiTHz  537.927648 cm-1    66.694552 meV
  19 f  =   14.947075 THz    93.915243 2PiTHz  498.580745 cm-1    61.816156 meV
  20 f  =   12.665846 THz    79.581859 2PiTHz  422.487143 cm-1    52.381749 meV
  21 f  =   10.823369 THz    68.005236 2PiTHz  361.028734 cm-1    44.761874 meV
  22 f  =    7.609496 THz    47.811876 2PiTHz  253.825470 cm-1    31.470359 meV
  23 f  =    7.048473 THz    44.286863 2PiTHz  235.111749 cm-1    29.150152 meV
  24 f  =    6.171422 THz    38.776187 2PiTHz  205.856466 cm-1    25.522958 meV
  25 f  =    3.928431 THz    24.683059 2PiTHz  131.038342 cm-1    16.246690 meV
  26 f  =    2.037916 THz    12.804604 2PiTHz   67.977558 cm-1     8.428146 meV
  27 f  =    1.804595 THz    11.338608 2PiTHz   60.194825 cm-1     7.463210 meV
  28 f  =    1.662093 THz    10.443236 2PiTHz   55.441440 cm-1     6.873865 meV
  29 f  =    1.097822 THz     6.897816 2PiTHz   36.619385 cm-1     4.540227 meV
  30 f/i=   19.701824 THz   123.790210 2PiTHz  657.182086 cm-1    81.480223 meV

IS的振动频率如下，
1 f  =   92.795454 THz   583.051031 2PiTHz 3095.323060 cm-1   383.771286 meV
   2 f  =   90.777969 THz   570.374802 2PiTHz 3028.027021 cm-1   375.427638 meV
   3 f  =   89.049972 THz   559.517476 2PiTHz 2970.387246 cm-1   368.281214 meV
   4 f  =   87.612437 THz   550.485179 2PiTHz 2922.436248 cm-1   362.336046 meV
   5 f  =   79.297145 THz   498.238659 2PiTHz 2645.067974 cm-1   327.946750 meV
   6 f  =   48.079615 THz   302.093132 2PiTHz 1603.763287 cm-1   198.841377 meV
   7 f  =   42.508664 THz   267.089812 2PiTHz 1417.936357 cm-1   175.801766 meV
   8 f  =   42.172209 THz   264.975803 2PiTHz 1406.713426 cm-1   174.410299 meV
   9 f  =   40.516455 THz   254.572393 2PiTHz 1351.483414 cm-1   167.562648 meV
  10 f  =   39.951683 THz   251.023827 2PiTHz 1332.644653 cm-1   165.226938 meV
  11 f  =   38.958660 THz   244.784481 2PiTHz 1299.520981 cm-1   161.120125 meV
  12 f  =   35.368889 THz   222.229287 2PiTHz 1179.779126 cm-1   146.274022 meV
  13 f  =   35.236922 THz   221.400108 2PiTHz 1175.377153 cm-1   145.728246 meV
  14 f  =   32.129783 THz   201.877380 2PiTHz 1071.734166 cm-1   132.878149 meV
  15 f  =   30.348251 THz   190.683687 2PiTHz 1012.308667 cm-1   125.510324 meV
  16 f  =   28.748680 THz   180.633284 2PiTHz  958.952715 cm-1   118.895026 meV
  17 f  =   25.948363 THz   163.038374 2PiTHz  865.544201 cm-1   107.313842 meV
  18 f  =   22.889930 THz   143.821669 2PiTHz  763.525840 cm-1    94.665173 meV
  19 f  =   18.443536 THz   115.884154 2PiTHz  615.210120 cm-1    76.276361 meV
  20 f  =   14.020816 THz    88.095385 2PiTHz  467.684063 cm-1    57.985455 meV
  21 f  =   12.659890 THz    79.544432 2PiTHz  422.288446 cm-1    52.357113 meV
  22 f  =   10.507260 THz    66.019061 2PiTHz  350.484455 cm-1    43.454550 meV
  23 f  =    8.030931 THz    50.459828 2PiTHz  267.883017 cm-1    33.213273 meV
  24 f  =    5.159714 THz    32.419438 2PiTHz  172.109523 cm-1    21.338869 meV
  25 f  =    4.778452 THz    30.023899 2PiTHz  159.391997 cm-1    19.762096 meV
  26 f  =    3.847831 THz    24.176635 2PiTHz  128.349821 cm-1    15.913355 meV
  27 f  =    3.452137 THz    21.690417 2PiTHz  115.150897 cm-1    14.276897 meV
  28 f  =    1.668567 THz    10.483918 2PiTHz   55.657414 cm-1     6.900642 meV
  29 f  =    1.301056 THz     8.174774 2PiTHz   43.398544 cm-1     5.380736 meV
  30 f  =    0.693867 THz     4.359694 2PiTHz   23.144906 cm-1     2.869604 meV
请教下面该如何计算呢？
是否手动计算下IS的各个w连乘，再除以TS（除去虚频）的各个w的连乘？
非常感谢
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集中精力发文章
1楼 2012-06-25 10:26:23
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hakuna

木虫 (知名作家)
由频率算配分函数（当然可以直接利用每个振动模式对应的能量），然后嘛就参考这里吧：
http://vallance.chem.ox.ac.uk/pdfs/TSTnotes.pdf
或
http://www.q1.fcen.uba.ar/materias/qf2/TCA.pdf
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2楼2012-06-25 18:12:05
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04nylxb

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2012-06-25 18:12:05
由频率算配分函数（当然可以直接利用每个振动模式对应的能量），然后嘛就参考这里吧：
http://vallance.chem.ox.ac.uk/pdfs/TSTnotes.pdf
或
http://www.q1.fcen.uba.ar/materias/qf2/TCA.pdf...

非常感谢，我再学习下理论
请教下具体vasp上该如何操作，或者是否有相应的脚本？不胜感激
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集中精力发文章
3楼2012-06-25 18:23:45
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hakuna

木虫 (知名作家)
你看下面这篇文章吧，比较详细，包含各种校正。脚本吗还没见过，其实自己写一下也非常简单，主要就是读入数据，然后套公式算就行了。其实如果对EXCEL比较熟悉的话，用它处理也行。
参文：http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/pubs/henkelman06_044706.pdf
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04nylxb
4楼2012-06-25 18:34:21
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icic2012

金虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
uuv2010: 金币-1, 应助指数-1, 请勿发表和帖子无关的内容 2012-06-25 20:50:27
可能是某些小文件被当成垃圾删了，修复安装endnote。

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可能是某些小文件被当成垃圾删了，修复安装endnote。
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5楼2012-06-25 18:44:49
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04nylxb

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2012-06-25 18:34:21
你看下面这篇文章吧，比较详细，包含各种校正。脚本吗还没见过，其实自己写一下也非常简单，主要就是读入数据，然后套公式算就行了。其实如果对EXCEL比较熟悉的话，用它处理也行。
参文：http://theory.cm.utexas. ...

收到，非常感谢
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集中精力发文章
6楼2012-06-25 21:29:59
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JennySun2015

金虫 (小有名气)
请教一下楼主，总vasp如何做neb?

发自小木虫Android客户端
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7楼2015-12-14 19:39:06
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lxh1234

禁虫
本帖内容被屏蔽
8楼2020-04-30 07:24:05
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