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一若旧梦

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求助！gauss03中BSSE校正的问题

求助！gauss03中BSSE校正的问题
我想计算α-硝基萘和TNT之间能否形成氢键，通过MP2/6-311++G(d，p)分别计算了α-硝基萘的单点能和TNT 的单点能以及两个分子在一起的单点能。再通过ΔE=E（AB）-E(A)-E(B)得到能量差。可是这个能量差不准确，必须通过BSSE方法校正，可是为什么我用BSSE总是出错啊！










如图所示：










我的输入命令是：%Section    %Chk=Untitled-3.chk

              Route Section   # RMP2(FC)/6-311++G(d,p) Opt  counterpoise=2

              Title  Section   Untitled-3

              Charge, Multipl.  0  1

                               Molecule Specification
  6             0        4.560338    1.618156   -0.089617
     6             0        5.815798    2.128637    0.006929
     6             0        6.947036    1.283478    0.066041
     6             0        6.784170   -0.061692    0.015170
     6             0        5.489676   -0.633954   -0.095308
     6             0        4.358101    0.211032   -0.138311
     6             0        5.329559   -2.042418   -0.168744
     6             0        4.104053   -2.609191   -0.302790
     6             0        2.960555   -1.788481   -0.370841
     6             0        3.095672   -0.440260   -0.278208
     7             0        1.851536    0.318887   -0.307856
     8             0        0.979426   -0.076342   -1.027925
     8             0        1.745112    1.272264    0.401756
     1             0        3.720588    2.279786   -0.122468
     1             0        5.950383    3.194907    0.041058
     1             0        7.929867    1.711497    0.147559
     1             0        7.635528   -0.718198    0.052724
     1             0        6.208541   -2.660664   -0.119206
     1             0        3.990983   -3.675860   -0.356456
     1             0        1.984077   -2.219849   -0.470608
     6             0       -4.393816   -0.268290   -0.114353
     6             0       -4.165297    1.091910   -0.154956
     6             0       -2.899300    1.551491    0.125910
     6             0       -1.867735    0.685845    0.416007
     6             0       -2.138816   -0.667592    0.390910
     6             0       -3.398543   -1.216266    0.133778
     7             0       -2.651605    2.986795    0.118065
     8             0       -1.554001    3.353102    0.393576
     8             0       -3.570078    3.695433   -0.161413
     7             0       -5.787655   -0.652856   -0.348590
     8             0       -6.281296   -1.450078    0.387876
     8             0       -6.349490   -0.101933   -1.242956
     7             0       -0.993158   -1.534300    0.664498
     8             0       -0.866756   -2.522888    0.010059
     8             0       -0.246588   -1.182288    1.523525
     6             0       -3.636555   -2.710756    0.091020
     1             0       -4.957460    1.773358   -0.387866
     1             0       -0.880207    1.047595    0.619990
     1             0       -3.165340   -3.118989   -0.792426
     1             0       -4.685152   -2.941190    0.083654
     1             0       -3.185643   -3.190125    0.949416

如果不对，谁能告诉我BSSE的输入命令怎么输啊！！请尽量说详细点！！是不是跟Charge, Multipl有关？多谢啊！
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1楼 2012-06-22 16:13:47
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zszjn

银虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 夏天的娃 at 2012-06-24 10:28:58
第一个-1 1代表总的电荷和多重度，第二个-1 1代表第一个片段的（它是个阴离子），第三个0 1代表第二个片段的，是中性分子。
坐标后面的数字是因为我用的GV建模的，带了原子链接，这个没关系，没有也可以...

你好  你的这个坐标是怎么得来的?
我用GaussView得到的坐标是这样
0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
N                  1              B4    2              A3    3              D2
H                  2              B5    1              A4    5              D3
H                  3              B6    2              A5    1              D4
H                  4              B7    3              A6    2              D5
C                  1              B8    5              A7    4              D6
C                  9              B9    1              A8    5              D7
C                  5             B10    1              A9    2              D8
H                 11             B11    5             A10    1              D9
H                 11             B12    5             A11    1             D10
H                 11             B13    5             A12    1             D11
C                  9             B14    1             A13    5             D12
H                 15             B15    9             A14    1             D13
C                  9             B16    1             A15    5             D14
N                 17             B17    9             A16    1             D15
O                 18             B18   17             A17    9             D16
O                 10             B19    9             A18    1             D17
C                 17             B20    9             A19    1             D18
H                 21             B21   17             A20    9             D19
H                 21             B22   17             A21    9             D20
H                 21             B23   17             A22    9             D21

   B1             1.40175000
   B2             1.40124782
   B3             1.40184834
   B4             1.39179783
   B5             1.08481903
   B6             1.08481145
   B7             1.08923173
   B8             2.10384340
   B9             1.20662307
   B10            1.47000000
   B11            1.07000000
   B12            1.07000000
   B13            1.07000000
   B14            1.36170000
   B15            1.07000000
   B16            1.38029460
   B17            1.28500000
   B18            1.32587874
   B19            1.43000000
   B20            1.49230000
   B21            1.07000000
   B22            1.07000000
   B23            1.07000000
   A1           109.07834178
   A2           106.74085740
   A3           106.50573988
   A4           126.44075323
   A5           126.81725494
   A6           130.11211410
   A7           155.50317747
   A8           109.11082165
   A9           125.59658900
   A10          109.47120255
   A11          109.47120255
   A12          109.47123134
   A13           41.24974249
   A14          121.82032679
   A15          152.23676038
   A16          111.83860613
   A17          100.64448547
   A18          124.55736225
   A19          133.72548892
   A20          109.47120255
   A21          109.47120255
   A22          109.47123134
   D1            -0.00472875
   D2             0.00000000
   D3           180.00000000
   D4          -180.00000000
   D5          -179.99201401
   D6           147.76327266
   D7          -150.12552641
   D8           179.98442604
   D9           150.38072621
   D10          -89.61925899
   D11           30.38073361
   D12           45.68019108
   D13          179.07632216
   D14           35.11549995
   D15          156.44810647
   D16           16.38370461
   D17           10.26511811
   D18           -8.15428910
   D19          -48.61759650
   D20           71.38241829
   D21         -168.61758910

1 2 2.0 5 1.0 15 1.0
2 3 1.0 6 1.0
3 4 2.0 7 1.0
4 5 1.0 8 1.0
5 11 1.0
6
7
8
9 10 1.0 15 2.0 17 1.0
10 19 1.0 20 2.0
11 12 1.0 13 1.0 14 1.0
12
13
14
15 16 1.0
16
17 18 2.0 21 1.0
18 19 1.0
19
20
21 22 1.0 23 1.0 24 1.0
22
23
24
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做回自己
18楼2014-10-29 19:16:55
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2012-06-22 17:08:18
首先你没有设置分子片段，哪个部分是分子片段1，哪个是分子片段2。
第二，你没有设置分子片段的电荷数和多重度，有个分子片段1的电荷数、多重度，分子片段2的，以及总的
第三，内存是不是没有设置，导致太小了算不下去？
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叫老猫的兔子
2楼2012-06-22 17:01:42
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一若旧梦

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gujing136 at 2012-06-22 17:01:42
首先你没有设置分子片段，哪个部分是分子片段1，哪个是分子片段2。
第二，你没有设置分子片段的电荷数和多重度，有个分子片段1的电荷数、多重度，分子片段2的，以及总的
第三，内存是不是没有设置，导致太小了算不 ...

怎么设置分子片段1 和 分子片段2 啊？
2、怎么设置分子片段的电荷数和多重度啊？
本人小菜鸟，能不能说详细点。有没有相关资料？本人无限感激！
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3楼2012-06-22 22:51:46
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finesun

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
很简单，如 甲醇+水，gjf文件如下：
%chk=1.chk
%mem=12mw
# MP2/6-311++G(d,p) Opt  counterpoise=2

Title Card Required

0 1
C                 -2.23131677    1.63583155    0.20830109 1
H                 -1.87466234    0.62702155    0.20830109 1
H                 -1.87464393    2.14022974   -0.66535042 1
H                 -3.30131677    1.63584473    0.20830109 1
O                 -1.75464185    2.30993380    1.37589142 1
H                 -2.07440054    3.21511567    1.37630755 1
O                 -2.03197324    4.67082275    1.66933740 2
H                 -1.57666283    4.95221274    2.46627661 2
H                 -2.59015021    5.38381576    1.35046526 2
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4楼2012-06-23 10:46:36
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