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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » HyperChem/NWChem » 求助，编译Nwchem 总一在一个地方出错：DMatrix-mpi.F
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alan8410

木虫 (正式写手)

含能材料

[求助] 求助，编译Nwchem 总一在一个地方出错：DMatrix-mpi.F

ifort -c -i8 -align -w -g -vec-report1 -O3 -prefetch  -unroll  -tpp7 -ip -xP -no-prec-div -I. -I/share/home/XX/sourcecode/openmpi/include -I/share/home/XX/sourcecode/nwchem-6.1/src/include -I/share/home/XX/sourcecode/nwchem-6.1/src/tools/install/include -DEXT_INT -DLINUX -DLINUX64 -DIFCV8 -DIFCLINUX -DPARALLEL_DIAG  -DMPI  DMatrix.F
ifort -c -i8 -align -w -g -vec-report1 -O3 -prefetch  -unroll  -tpp7 -ip -xP -no-prec-div -I. -I/share/home/sci_029/sourcecode/openmpi/include -I/share/home/XX/sourcecode/nwchem-6.1/src/include -I/share/home/XX/sourcecode/nwchem-6.1/src/tools/install/include -DEXT_INT -DLINUX -DLINUX64 -DIFCV8 -DIFCLINUX -DPARALLEL_DIAG  -DMPI  DMatrix-mpi.F
DMatrix-mpi.F(1363): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [STUPID_MSGLEN]
      stupid_msglen = 7*7
------^
DMatrix-mpi.F(1365): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [STUPID_DOUBLE]
     >                      stupid_double,stupid_sum,

有没有虫友遇到这个问题？ 用的mpi是mpich, openmpi, 都通不过！
是在北京计算中心编译的，有没有朋友在上面编译成功的？

setenv USE_MPI  y
#setenv USE_MPIF y
setenv MPI_LOC  /share/home/sci_029/sourcecode/openmpi
setenv MPI_LIB  $MPI_LOC/lib
setenv MPI_INCLUDE  $MPI_LOC/include
setenv LIBMPI "-lmpi"

mpi部分脚本如上.

编译器，ifort icc
setenv FOPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops -multiple-processes=8 -unroll-aggressive"
setenv COPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops"
#make FC=ifort CC=icc  nwchem_config

#setenv FC  /public/software/mpich2-1.0.7/bin/mpif77
#setenv CC  /public/software/mpich2-1.0.7/bin/mpicc
make FC=ifort CC=icc

[ Last edited by alan8410 on 2012-6-11 at 12:29 ]
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这是我的东东
1楼 2012-06-11 12:11:19
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alan8410

木虫 (正式写手)

含能材料
嗯，谢谢，上述问题在注释掉#setenv USE_MPIF y 可以通过
mpich编译通不过，openmpi可以通过，不过计算的时候，会出错，openmpi killed， MPI abborted，

最后下载了6.0的bin版本可以运行，也省事，呵呵
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这是我的东东
3楼2012-06-12 09:58:59
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
alan8410: 金币+30, ★有帮助 2012-06-12 09:59:15
在自己电脑上弄过，帖一个自己的笔记

服务器架构x86_64，用户：gmy
mpi版本：mpich2-1.1.1p1
编译步骤：
1，        更改环境变量
vi .bashrc
加上如下内容
export LARGE_FILES=TRUE
export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=16777216"
export USE_MPI=y
export MPI_LOC=/public/home/gmy/mpich2-install/
export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib
export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include
export LIBMPI="-lmpich"
export NWCHEM_TOP=/public/home/gmy/nwchem-6.1
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64
export FC=ifort
export CC=gcc
export NWCHEM_MODULES=all
export PATH=$NWCHEM_TOP/bin/LINUX64:$PATH
2，        source .bashrc
3，        tar –xvf Nwchem-6.1-2012-Feb-10.tar.gz, 生存nwchem-6.1文件夹
4，        进入nwchem-6.1路径下，再进入src子路径，执行命令 make nwchem_config（这个比较快），完了之后再make，大概要半个小时编译时间
5，        编译完之后，做个例子测试cd / nwchem-6.1/examples/qmd
做一个并行任务的计算例子，跑一个小分子水h2o_scf.nw 命令如下
mpirun –np 4 /public/home/gmy/nwchem-6.1/bin/LINUX64_x86_64/nwchem（这个是nwchem运行程序的路径）  h2o_scf.nw
正常结束
Total times  cpu:        1.6s     wall:       16.5s
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2楼2012-06-12 09:31:02
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alan8410

木虫 (正式写手)

含能材料
openmpi  编译选项“-lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -ldl -Wl,--export-dynamic -lnsl -lutil”
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这是我的东东
4楼2012-06-12 14:23:22
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quantum999

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alan8410 at 2012-06-12 09:58:59
嗯，谢谢，上述问题在注释掉#setenv USE_MPIF y 可以通过
mpich编译通不过，openmpi可以通过，不过计算的时候，会出错，openmpi killed， MPI abborted，

最后下载了6.0的bin版本可以运行，也省事，呵呵

6.0的bin版本可以并行吗？是mpi -np 。。。来并行吗？
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5楼2012-06-13 08:37:01
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