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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 提交siesta任务计算失败
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xiongxiong5712

新虫 (小有名气)

[求助] 提交siesta任务计算失败

请教siesta的output文件提示这个是什么意思：

p0_17810:  p4_error: Child process exited while making connection to remote process on c0108: 0
p0_17810: (6.070312) net_send: could not write to fd=4, errno = 32
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1楼2012-06-06 16:58:02
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢提示 2012-06-08 16:45:14
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-06-08 09:14:08
$ vi pbssiesta






















#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -N Si3N4
#PBS -l walltime=480:00:00   
#PBS -l cput=480:00:00
#PBS -q students
cd $PBS_O_WORK ...

看来不是你的脚本的问题。
我想问一下，是不是你这个mpi版本是mpich啊？你以前能运行的siesta程序是用这个mpich执行的吗？我估计你的这个mpich安装完毕后，就没有成功并行过。也就是说你的mpich没有安装好。你需要重新安装。另外你的免密码登录用是rsh还是ssh，如果是ssh的话，在安装mpich的时候是不是在配置的时候要指定-rsh=/usr/bin/ssh
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弘德明志博学笃行
6楼2012-06-08 10:20:28
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-06-06 23:55:21
你是不是跨节点运行了？

你的节点和节点靠什么物理链接呢？

估计你的这个节点间的链接有问题了，有可能堵塞了。

如果你这个并行网络不是很好的话，尽量用节点内部并行。
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弘德明志博学笃行
2楼2012-06-06 23:24:02
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xiongxiong5712

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-06-06 23:24:02
你是不是跨节点运行了？

你的节点和节点靠什么物理链接呢？

估计你的这个节点间的链接有问题了，有可能堵塞了。

如果你这个并行网络不是很好的话，尽量用节点内部并行。

谢谢您的回复。我是在主节点提交任务的。不懂您说的“节点和节点靠什么物理链接”是什么意思？但是在分节点提交也不行
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3楼2012-06-07 10:09:36
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-06-07 10:09:36
谢谢您的回复。我是在主节点提交任务的。不懂您说的“节点和节点靠什么物理链接”是什么意思？但是在分节点提交也不行...

那就把你提交任务的脚本拿出来看一下吧。
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弘德明志博学笃行
4楼2012-06-07 10:18:13
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