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gmmy

木虫 (小有名气)

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xueht987: 金币+1, 谢谢回帖,鼓励交流! 2012-06-08 08:52:35
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9楼: Originally posted by cavediger at 2012-06-06 11:54:45
一般分子体系计算总要固定其中一个原子,所以,上面测试中固定了其中的C原子,得到的结果的确不好理解。
准备将两个原子都放开,再试一下,有结果后再比较一下...

你选的单胞是10X15X20,可以试试固定C在不同的位置,计算总能。如(5,7.5,10)(5,10,10)(5,5,10)。即看看这个电场是不是和位置有关,虽然在物理上放在什么位置对总能是没有影响的,但是实际的计算可能不一样。
11楼2012-06-06 22:33:10
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


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xueht987: 金币+1, 谢谢回帖,鼓励交流! 2012-06-08 08:53:01
引用回帖:
11楼: Originally posted by gmmy at 2012-06-06 02:33:10
你选的单胞是10X15X20,可以试试固定C在不同的位置,计算总能。如(5,7.5,10)(5,10,10)(5,5,10)。即看看这个电场是不是和位置有关,虽然在物理上放在什么位置对总能是没有影响的,但是实际的计算可能不一样。...

一般来说做气态分子为消除镜像分子间作用应使分子居中并固定;
这个计算有外电场,松开全部原子进行优化的话,分子肯定在力的作用往一边跑,或者永不收敛;所以还是要其中一个原子。

如果你想比较加电场前后电子结构和能量的变化,
那么实际上应该固定所有原子核的位置做波函数优化,即在相同的分子构型下做不同电场的计算;
否则有外场和原子核位置两个变量影响轨道能,得不到合理的结果。
12楼2012-06-07 09:22:46
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cavediger

金虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by gmmy at 2012-06-06 22:33:10
你选的单胞是10X15X20,可以试试固定C在不同的位置,计算总能。如(5,7.5,10)(5,10,10)(5,5,10)。即看看这个电场是不是和位置有关,虽然在物理上放在什么位置对总能是没有影响的,但是实际的计算可能不一样。...

谢谢提醒!
试过C的z坐标为0、0.25、0.5、0.75....等不同位置,在相同电场下,得到的总能量、键长、偶极矩.......等基本不变。这应当在情理之中吧
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
13楼2012-06-07 09:28:30
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cavediger

金虫 (正式写手)

引用回帖:
12楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-06-07 09:22:46
一般来说做气态分子为消除镜像分子间作用应使分子居中并固定;
这个计算有外电场,松开全部原子进行优化的话,分子肯定在力的作用往一边跑,或者永不收敛;所以还是要其中一个原子。

如果你想比较加电场前后电 ...

全放开后,倒是没有出现分子逛大街的情况,计算可以收敛,基本是在初始位置但略有改变。
------------------
如果你想比较加电场前后电子结构和能量的变化,那么实际上应该固定所有原子核的位置做波函数优化,即在相同的分子构型下做不同电场的计算;否则有外场和原子核位置两个变量影响轨道能,得不到合理的结果。
******
各种因素纠结在一起,分析起来的确不方便。但如固定结构,即算单点,比较能量变化是否合理呢?在无电场时的基态结构,加电场后未必还是基态,这样比较是否有问题呢?
谢谢持续关注!
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
14楼2012-06-07 09:40:26
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


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xueht987: 金币+1, 谢谢回帖,鼓励交流! 2012-06-08 08:53:20
引用回帖:
各种因素纠结在一起,分析起来的确不方便。但如固定结构,即算单点,比较能量变化是否合理呢?

这就看如何定义要比较的内容了。我认为要了解电场对轨道的作用,就需要固定原子核,只看轨道变化。
引用回帖:
在无电场时的基态结构,加电场后未必还是基态,这样比较是否有问题呢?

你说的基态,应该是指分子的势能面的最低点吧。维基(http://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%9F%BA%E6%80%81)上定义的基态是指所有量子态的能量最低态,即电子占据所有最低能轨道的状态。因为我们做了BO近似,原子核的量子效应是不考虑,只当作一个外场而已。只有原子的量子基态等于势能最低态。分子每个构型都有基态。不过由于分子待在势能面的最低处的概率最大,我们才产生基态指最低能构象态的错觉。不管怎么说,这都是模型而已,看你如何定义了。我觉得这里要看分子对轨道的影响,你可以比较两种情况下分子最低能态的电子结构,也可以比较相同分子构型下电子基态的差异。后一种更能看清电场对电子结构的影响,注意是电子结构,不含原子核结构。
15楼2012-06-07 10:11:25
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cavediger

金虫 (正式写手)

1.这就看如何定义要比较的内容了。我认为要了解电场对轨道的作用,就需要固定原子核,只看轨道变化。
  这个我可以接受。

2.分子每个构型都有基态。不过由于分子待在势能面的最低处的概率最大,我们才产生基态指最低能构象态的错觉。
  这个也同意

3.我觉得这里要看分子对轨道的影响,你可以比较两种情况下分子最低能态的电子结构,也可以比较相同分子构型下电子基态的差异。后一种更能看清电场对电子结构的影响,注意是电子结构,不含原子核结构。
  正准备看一下前者。后者也值得考虑。

再次感谢!

[ Last edited by cavediger on 2012-6-7 at 10:28 ]
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16楼2012-06-07 10:22:56
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