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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 版务 » 集思广益-大家最想在分子模拟版学习什么软件的使用
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

[交流] 集思广益-大家最想在分子模拟版学习什么软件的使用

对于非计算专业出身的虫子，来计算模拟版可能是为了寻求使用特定的软件去解释自己的实验结果，那么大家最希望学习什么软件的使用呢？希望各位踊跃的提出自己的想法，促进我们分子模拟版的发展。
就我个人而言，熟悉的软件主要包括做分子对接和分子动力学的部分软件，主要用来解决生物催化中酶与底物反应这类问题的计算模拟。常用的软件包括：
图形化软件：pymol
分子对接软件：Autodock, Autodock Vina, Arguslab
分子动力学软件：Gromacs
希望各位能够多多交流！
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1楼2012-06-02 16:15:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs版主好厉害，熟悉这么多软件

我主要用NAMD 和GROMACS ，曾经学习过一些lammps，建模和图像处理使用VMD ，偶尔会使用packmol，

推荐所有学习MD模拟的虫子，都要学习一下VMD，其建模，模拟结果的显示和处理功能都非常强大
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2楼2012-06-02 21:17:39
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