function DGGEdataanalysis(data)
%输入的数据为Gel pro plus或者其他凝胶分析
%软件得到的关于泳道比移值或者各个泳道亮度数据
%为了后续所有分析能继续，建议用各个泳道亮度数据
%Shannon-Wiener多样性指数H=-∑Pln(P)
%相似性指数S=2Lab/(La+Lb) Lab为a,b泳道都存在的条带数
%example
%x1=xlsread('amout.xls')
%DGGEdataanalysis(x1)
%作者：dbb627
%dbb627[at=923817]163.com[/at]
%2012 .6.1
%=========泳道的多样性指数=====
X=data;
[m,n]=size(X);
S=cell(1,n);
for i=1:n
S{1,i}=['Lane',num2str(i)];
end

y1=DGGEdivsityindex(X)
figure;
lane=1:n;
bar(lane,y1)
set(gca,  'XTickLabel',S, 'XTick',lane);
title('各泳道的Shannon-Wiener多样性指数')
%========泳道间的相似性指数====
y2=DGGEsimilaritymatrix(data)
%=====泳道间的聚类分析=====
Z=linkage(y2,'average');
figure;
dendrogram(Z,n,'ORIENTATION','left','LABELS',S)
title('泳道间的聚类分析')

function  y=DGGEsimilaritymatrix(X)
%计算DGGE图谱各泳道间的相似性指数组成相似矩阵
%输入参数x为图谱的泳道的亮度（灰度）或者比移值矩阵
[M,N]=size(X);
Xc=zeros(1,N);
Same=zeros(N,N);
similaritymatrix=zeros(N,N);
for i=1:N
    for j=1:M
        if X(j,i)>0
            Xc(1,i)=Xc(1,i)+1;
        end
    end
end
Xc;
for i=1:N
    for k=1:N
        for j=1:M
            if (X(j,i)>0)&(X(j,k)>0)
                Same(i,k)= Same(i,k)+1;
            end
        end
    end
end
Same;
for i=1:N
    for k=1:N
        similaritymatrix(i,k)=2*Same(i,k)/(Xc(1,i)+Xc(1,k));
    end
end
y=similaritymatrix;

function y=DGGEdivsityindex(x)
%计算DGGE图谱各泳道的多样性指数
%输入参数x为图谱的泳道的亮度（灰度）矩阵
[M,N]=size(x);
divsityindex=zeros(1,N);
for i=1:N
    P=x(:,i);
Sumc(i)=sum(P(P>0));
end
for i=1:N
    for j=1:M-1
        if x(j,i)>0
            divsityindex(1,i)=divsityindex(1,i)-x(j,i)/Sumc(i)*log(x(j,i)/Sumc(i));
        else
         divsityindex(1,i)=divsityindex(1,i)+0;
        end
    end
end
y=divsityindex;