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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 已经克隆测序到了matK序列，如何界定？急切求助中，谢谢！
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zhannanxia

银虫 (小有名气)

[求助] 已经克隆测序到了matK序列，如何界定？急切求助中，谢谢！

大侠们好，我这边有两个问题帮忙解疑下：
1.我已经通过克隆测序，获得了20几个不同样品的matK序列，大小在700多bp,而NCBI上比对的matK序列有的达到1500bp左右（全基因序列），请问现在要怎么人工剪辑？就是如何确定我克隆到的基因序列长度，用来序列差异分析和构建系统发育树。
2.同上，基因序列长度如何确定，用于genebank的提交？
3.比如苹果“红富士”，这个品种之前有人已经在NCBI上提交过matK的核苷酸序列，我现在重新测序的和前人略有不同，还可以申请提交吗？
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1楼 2012-06-01 00:54:34
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linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by zhannanxia at 2012-06-04 00:13:06
谢谢楼上的回复，那么请问：
如《基于rbcL、matK基因序列探讨松科系统进化的可能性。。。》这篇文章中，克隆rbcL基因所用引物为正向---5‘-ATGTCACCAAAAACAGAGACT-3’
反向----5‘TCACAAGCAGCAGCTAGTTC-3’。他提 ...

我刚看下载了他的序列，比对后确实没有找到他用的引物序列，我也觉得有点奇怪，他是提交的gDNA,但是没有把外显子和内含子的位置标出来，你可以详细咨询一下她们，好像是上海大学生科院的做的吧
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11楼2012-06-05 21:16:23
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zhannanxia

银虫 (小有名气)
不知道描述详尽不，
自己再顶一下，
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2楼2012-06-01 16:40:37
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linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 有道理~ 2012-06-02 10:31:01
zhannanxia: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-04 10:48:07
你的matK是什么基因呀？你用你的上下游引物比对了后，剪切掉载体上的序列，剩下的就是你的目的序列了！还有，如果你的cDNA序列只是同别人的序列只差几个碱基的话那你就要慎重了，有可能是碱基错配造成的，最好是比对一下氨基酸序列！如果氨基酸序列不一样的话，还可以考虑，如果氨基酸序列完全一样的话那就没有必要了！
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3楼2012-06-01 21:30:31
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhaohq1209: 金币+2, 有帮助~只选取已有的序列做比对 2012-06-02 10:31:25
zhannanxia: 金币+2, ★有帮助 2012-06-04 10:47:30
如要建系统发育树，那你需要截取NCBI上相关序列的相应区域，然后再作比对建树。可以先把你的序列和NCBI的一起做个多序列比对，然后根据结果截取各序列的相应片段，再重新做多序列比对建树。
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4楼2012-06-02 00:45:34
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