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chenpingden铜虫 (小有名气)
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[求助]
如何回复该SCI审稿意见回复---请生物芯片数据分析或生物信息学的大侠指教
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是这样：一审中有一同行提出下列意见： The experiment has been designed with only two reps, I think that in these condition is essential to demonstrate that the biological replicate are consistent, therefore a R-squared linear correlation coefficients should be computed on the expression values for each set of biological reps. This was already requested during the first revision, but I could not find it in the revised version. If the R value is extremely high the two reps can be considered very similar, but if correlation value is not very high a number of genes have a different expression in the two reps of the same sample and this should suggest to use a third rep. 我的研究中设有5个处理，每个处理有3个生物学重复，但在实际做芯片杂交时，我每个处理只用了其中的2个生物学重复去做芯片分析（为省钱）。他说我同一处理内应该用3个样品的（3个生物学重复）的，用两个重复的话，须通过芯片表达值数据用R平方做两个样品的线性相关性，检查两这个重复样本是否高度相关（应该是R平方>0.95吧），如果小于0.95，须选用第三个样品来替代。在芯片数据分析软件中(Flexarray), 我找不到（或不知道如何找）判定这一相关系数的方法。另外，我也不可能再做第三个重复的芯片，如何回答上述提问，请高手赐教。 |
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