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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)

[求助] 测序结果只能找到上游引物,没有下游引物是怎么回事啊

我用兼并引物扩增出几个序列,连接到T载体上,送去测序,可是正反向序列都有上游引物,而没有下游引物是怎么回事啊?而且好像两组兼并引物都只能找到一个引物。求解
而且在序列上也没找到T载体插入位点两边的序列,这到底是怎么回事啊
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syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by syn1985 at 2012-05-24 19:38:02
你blast 看看是不是你的目的基因 很可能是错配的

找引物是不会错 但是如果你是有一侧引物找不到很有可能是错配 如果错配那就表明你这引物不好用,要换引物,但是如何鉴定是否是错配 那只能用blast(前提是你的基因序列未知)
14楼2012-05-26 12:21:13
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yuluoqiutong

木虫 (正式写手)

初出茅庐

【答案】应助回帖


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1949stone: 金币+1, 选择双向可以弥补 2012-05-26 11:57:49
目的片段的长度是多少?一般来说,测序一个反应只有八九百BP大小,如果你的引物超过了900bp,就算测出来了,900之后的是十分不准的,一般都不看的
2楼2012-05-23 09:08:53
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kabuqinuo89

新虫 (小有名气)

1949stone: , 一般是可以的 你可以比对下 2012-05-26 11:58:16
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuluoqiutong at 2012-05-23 09:08:53:
目的片段的长度是多少?一般来说,测序一个反应只有八九百BP大小,如果你的引物超过了900bp,就算测出来了,900之后的是十分不准的,一般都不看的

1000多bp,不过按理说两边引物都应该找的到的啊
3楼2012-05-23 09:32:19
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yuluoqiutong

木虫 (正式写手)

初出茅庐

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by kabuqinuo89 at 2012-05-23 09:32:19:
1000多bp,不过按理说两边引物都应该找的到的啊

1000多?900之后的就没有参考性了,实在不放心就再测一风反应试试
4楼2012-05-24 09:33:35
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