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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Linux应用 » dmidecope显示内容的一些困惑
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kingleaves

金虫 (小有名气)

[交流] dmidecope显示内容的一些困惑

最近的一个计算，cpu使用基地，不知什么缘由。问题由此引出：
用dmidecope查看，发现cpu标的外频为200MHz,cpu频率为2100MHz,然后看到内存是DDR2的，标明的speed: 333MHz(这个不是很明白，是内存的时钟频率，不应该是400MHz?)，按照此推断，是不是该DDR2-667?还是DDR2-800。假设是667，那么这样的内存+cpu组合，对于计算是否会造成瓶颈（两者频率相差太大）？这样是否可能是cpu的使用效率较低的原因？
这里需要说明的是，我给的内存绝对是足够的，top中看的话也用了10%左右。cpu为AMD的。
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1楼 2012-05-21 15:34:51
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
kingleaves(金币+1): 谢谢参与
gmy1990: 金币+2 2012-05-21 16:26:11
一般CPU利用很低的作业，IO负载都会很高，你检查一下你这个作业的临时文件是不是非常大？
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2楼2012-05-21 15:43:41
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kingleaves

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pwzhou at 2012-05-21 15:43:41:
一般CPU利用很低的作业，IO负载都会很高，你检查一下你这个作业的临时文件是不是非常大？

如你所说，临时文件是比较大。那么对于IO负载高的计算，有没有什么相应的措施来提高计算的效率呢？若能从原理上给予适当解释就更好了，谢谢。
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3楼2012-05-21 19:24:49
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
gmy1990: 金币+2 2012-05-22 22:00:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by kingleaves at 2012-05-21 19:24:49:
如你所说，临时文件是比较大。那么对于IO负载高的计算，有没有什么相应的措施来提高计算的效率呢？若能从原理上给予适当解释就更好了，谢谢。

这个通常没什么好的办法，你可以试试如下几种办法，看看是否有效：

首先确保你的临时文件是写在本地硬盘而不是通过NFS挂载的硬盘上，如果临时文件写在了NFS挂载的硬盘上的话，立马改过来，效果会非常的明显。这个就是要提高IO读写速度，条件允许的话，你可以更换性能更好的硬盘。

调整程序选项（如果有的话），不要将积分文件（基本上IO应该都是耗费在这个上面了）写在硬盘上，而是在需要的时候直接算，这个选项在IO负载比较低的时候会减慢计算速度，但是在IO负载很高的情况下则会加快计算速度。

还有一个办法，改小并行的核数，甚至直接串行，这个有时候效果也挺好的，绝对可以一试。因为当IO负载较高的时候，所有的进程都要读写文件，而且各个进程之间相互拥挤，会造成大家相互等待的局面，这样会造成多个进程反而没有一个进程计算快的后果，所以改为串行之后，反而能够提高速度。
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4楼2012-05-22 09:27:03
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