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lan徉yang

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求一个WIEN2k服务器计算的Pbs提交命令文件

我想问的是，是不是不同服务器用的pbs文件都不一样呢？哪位大侠有的话，给一个，谢谢
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光学乎，光棍者也
1楼 2012-05-14 15:43:07
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yh3166

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 谢谢分享 2012-06-12 20:17:03
#!/bin/sh
#PBS -N                     #文件名称

#PBS -d ./                  

#PBS -o ./

#PBS -e ./

#PBS -l nodes=2:ppn=8       #这个不解释了吧

#PBS -l walltime=240:00:00

#PBS -l mem=

#PBS -q paraque         #并行   还有串行，胖节点  自己搜搜

#PBS -V

source /opt/intel/impi/3.1/bin64/mpivars.sh
source /opt/intel/cce/10.1.021/bin/iccvars.sh
source /opt/intel/fce/10.1.021/bin/ifortvars.sh
source /opt/intel/mkl/10.1.2.024/tools/environment/mklvarsem64t.sh

## wien2k env
#################################################################
curdir=`pwd`
# added by WIEN2k: BEGIN
# --------------------------------------------------------
alias lsi="ls -aslp *.in*"
alias lso="ls -aslp *.ou*"
alias lsd="ls -aslp *.def"
alias lsc="ls -aslp *.cl*"
alias lss="ls -aslp *.sc*"
alias lse="ls -aslp *.error"
alias pslapw="ps -ef |grep "lapw""
alias cdw="cd $curdir"
export OMP_NUM_THREADS=1
#export LD_LIBRARY_PATH=.....
export EDITOR="xterm -e vi"
export SCRATCH=$curdir
export WIENROOT=/opt/issp2/wien2k  #这个你可以改改目录，不同版本
export W2WEB_CASE_BASEDIR=$curdir
export STRUCTEDIT_PATH=$WIENROOT/SRC_structeditor/bin
export PDFREADER=acroread
export PATH=$PATH:$WIENROOT:$STRUCTEDIT_PATH:.
export OCTAVE_EXEC_PATH=${PATH}::
export OCTAVE_PATH=${STRUCTEDIT_PATH}::
export PATH=$PATH:$WIENROOT:.
ulimit -s unlimited
alias octave="octave -p $OCTAVE_PATH"
# --------------------------------------------------------
# added by WIEN2k: END

EXEC="runsp_lapw -ec 0.00001 -cc 0.0001 -i 10 -p"     #命令，最重要的

cat $PBS_NODEFILE > nodelist.$$
sed -i s/$/-ib/ nodelist.$$

echo "###################" > .machines
echo "granularity:1" >> .machines
echo "lapw0:"`sed -n 1p nodelist.$$` >> .machines

for i in `cat nodelist.$$`
do
        echo "1:"$i":1"  >> .machines
done
echo "extrafine:1"  >> .machines
rm -f nodelist.$$

$EXEC
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4楼2012-06-12 19:52:12
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bjwang

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
贺仪: 金币+1, 谢谢交流 2012-05-16 20:00:13
我也正在找提交的脚本，我的是sge，官网上有类似的，不知道如何改。
http://www.wien2k.at/reg_user/faq/pbs.html
赞一下 回复此楼
It is a shame for the soul to be first to give way in this life,when thy body does not give way.
2楼2012-05-16 15:25:51
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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军

【答案】应助回帖

★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2012-06-08 11:22:02
不同的服务器是不同的，节点数目不一样，文件夹跟着改改就可以了
赞一下 回复此楼
新征途
3楼2012-06-08 09:29:35
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)
★
liliangfang: 金币-1, 应助指数-1, 非应助请勿选择应助回帖 2012-11-03 13:29:28
上面那个脚本挺好。。
赞一下 回复此楼
5楼2012-11-02 14:44:00
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