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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 如何做vasp掺杂
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Illusionist

银虫 (正式写手)

[求助] 如何做vasp掺杂

本人想用vasp做掺杂计算，刚开始学

1.直接建立3x3x3的超晶格模型
1）关于K的选择
3x3x3   -1019.397709
4x4x4   -1019.397873
所以选择了3x3x3
2）ENCUT
280   4093.144030
300   4093.144030
320   4093.144030
340   4093.144030
这里我最后选择了500ENCUT去进行结构优化。



2.结构优化INCAR：
SYSTEM=SnO2
ENCUT=500
ISMEAR=-5
GGA=91
VOSKOWN=1
ISYM=0
ISIF=3
NSW=100
PTIOM=0.1
IBRION=2
这里我选择打破对称性不知道是否合理
ISYM=0设置前后影响挺大，起码晶格常数会变化。LREAL=auto设置后，晶格常数也会有明显变化，请问一下一般如何处理这样的问题

另外我想在这一步结束后掺入替位的Sb，但是Sb有+3和+5价之分，该如何设定价态呢
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1楼2012-05-14 14:00:48
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2012-05-14 21:28:25
引用回帖:
6楼: Originally posted by Illusionist at 2012-05-14 14:40:13:
关键是掺杂前后要进行能量的比较，得到形成能。
掺杂之后对称性就改变了，如果不打破对称性，我担心对称性本身会对能量产生差异。

掺杂之后对称性就改变了，
你要比较掺杂和没有掺杂是的能量是吧？
是否对称计算只是在计算的时候使用对称性减小计算量而已 对能量这些影响不大
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
7楼2012-05-14 20:57:00
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Illusionist: 金币+20 2012-05-14 14:40:37
liliangfang: 金币+2, 谢谢指教 2012-05-14 14:59:36
首先对你的数据：
2）ENCUT
280   4093.144030
300   4093.144030
320   4093.144030
340   4093.144030
表示怀疑

其次对称性没必要打破，设置isif=3就可以了
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
5楼2012-05-14 14:32:59
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dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-05-17 14:57:51
引用回帖:
9楼: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-17 00:07:44:
掺杂的问题，建议把K格点设成只有Gamma点，再用更大的晶格(例如4x4x4,5x5x5,6x6x6等)。
至于收敛性测试，要注意收敛条件是，而不是
在优化几何结构的时候，建议不要使用ISIF=3选项！速度会非常慢。在同样的计算 ...

先在1x1x1体系下用ISIF=7优化得到粗略的晶格常数
然后做ENCUT和KPOINTS的收敛性测试
按满足收敛条件的ENCUT和KPOINTS值，计算不同晶格常数下体系的能量
用murn.f拟合得到平衡态晶格常数。
把1x1x1体系按比例放大，得到2x2x2/3x3x3/4x4x4等体系。
对3x3x3体系：
KPOINTS设成
CODE:
K-Points
0
Monkhorst Pack
1 1 1
0  0  0

然后进行ENCUT收敛性测试，记录不同ENCUT情况下能量和cpu time
然后在4x4x4x体系下做同样的事情，记录不同ENCUT情况下能量和cpu time
再重复至5x5x5,6x6x6,7x7x7
计算时间超过48小时的任务就可以忽略了。
综合考虑性能和精度的影响，确定最后选用的掺杂体系，例如我就选用4x4x4体系。
在此体系下，加入掺杂原子，按照之前收敛性测试的结果设置ENCUT
接下来就开始几何优化了。这里一般要求保持原胞的形状和体积，不过你也可以先优化原胞的体积，一般不要优化原胞的形状。不过这也说不定，例如极高压情况中体系的晶格会改变(例如从体心立方变成六角密堆，所以原胞形状是否改变跟你所做的具体工作有关。)
优化好原胞以后再做离子迟豫。你可以自己写脚本计算，也可以让vasp自己算。
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12楼2012-05-17 13:44:14
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普通回帖

xueht987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
uuv2010: 金币+1, 多谢指导 2012-05-14 14:14:10
Illusionist: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-05-14 14:16:09
首先打破对称性是可以的，只不过计算可能会多费点时间；
至于替位掺杂，要考虑一下掺杂原子与被掺杂原子是否是等价的，若果是非等价掺杂要考虑电荷补偿的问题，相关参数是NELECT,具体关于这方面之前本版有很多的相关帖子可以参考，自己搜一下。
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2楼2012-05-14 14:13:29
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Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xueht987 at 2012-05-14 14:13:29:
首先打破对称性是可以的，只不过计算可能会多费点时间；
至于替位掺杂，要考虑一下掺杂原子与被掺杂原子是否是等价的，若果是非等价掺杂要考虑电荷补偿的问题，相关参数是NELECT,具体关于这方面之前本版有很多的 ...

打破对称性之后是否需要提高ENCUT？因为我打破之后，发现晶格常数变大了许多·······3.18变到了3.21左右
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3楼2012-05-14 14:15:57
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xueht987

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
贺仪: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-05-14 14:29:32
Illusionist: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢，我再看看··有什么问题 2012-05-14 14:36:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by Illusionist at 2012-05-14 14:15:57:
打破对称性之后是否需要提高ENCUT？因为我打破之后，发现晶格常数变大了许多·······3.18变到了3.21左右

只要是收敛的，我个人觉得不需要；至于膨胀可与实验值比较一下，一般在1.5%内都可以接受，甚至更大。
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4楼2012-05-14 14:25:10
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Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-05-14 14:32:59:
首先对你的数据：
2）ENCUT
280   4093.144030
300   4093.144030
320   4093.144030
340   4093.144030
表示怀疑

其次对称性没必要打破，设置isif=3就可以了

关键是掺杂前后要进行能量的比较，得到形成能。
掺杂之后对称性就改变了，如果不打破对称性，我担心对称性本身会对能量产生差异。
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6楼2012-05-14 14:40:13
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liu108

木虫 (正式写手)
★
WDD880227: 金币+1, 感谢提示 2012-05-17 08:37:57
对于VASP计算参杂的问题，一个重要的因素是建模的问题，参杂未知一般选择在晶格缺陷的位置。对于参杂后体系的计算没必要做大的改动，可以选择跟未参杂的体系做对比来做。
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会当凌绝顶，一览众山小。
8楼2012-05-14 21:03:38
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dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-05-17 08:38:22
Illusionist: 金币+20, ★★★很有帮助, Gamma计算什么，结构优化还是收敛测试？对于K空间的gamma点对应的应该是是空间的晶格边界还是中心，掺杂的时候最好不要放在边间还是中心？ 2012-05-17 08:48:09
掺杂的问题，建议把K格点设成只有Gamma点，再用更大的晶格(例如4x4x4,5x5x5,6x6x6等)。
至于收敛性测试，要注意收敛条件是
引用回帖:
0.1meV/原子

，而不是
引用回帖:
0.1meV

在优化几何结构的时候，建议不要使用ISIF=3选项！速度会非常慢。在同样的计算条件下，建议用loop.sh方案。
一般来说，先在1x1x1体系下在实验测得的晶格常数基础上用ISIF=7优化得到体系的晶格常数。
然后作等比例放大，得到nxnxn体系的POSCAR，然后用循环静态计算这个晶格常数附近几个值对应的体系的能量，用murn方程拟合得到体系的平衡态晶格常数。
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9楼2012-05-17 00:07:44
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dxf_dxf_dxf

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xueht987 at 2012-05-14 14:13:29:
首先打破对称性是可以的，只不过计算可能会多费点时间；
至于替位掺杂，要考虑一下掺杂原子与被掺杂原子是否是等价的，若果是非等价掺杂要考虑电荷补偿的问题，相关参数是NELECT,具体关于这方面之前本版有很多的 ...

这个样子啊，能详细解释一下么，我很感兴趣！
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10楼2012-05-17 00:09:49
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