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cxq2822

木虫 (著名写手)

[求助] 我想求助下,如何计算化合物的优势构象?

我有一个天然产物,由三块组成,
这三块之间由C——C单键相连,
由于涉及到单键的旋转角度问题,
如何得知该化合物的优势构象,
优势构象是只有一种还是有多种?
请稍微说的详细点,谢谢
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一屋不扫,何以扫天下!
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-08 08:54:40
做个广告:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4404122&fpage=1

当年初学MD的时候,第一次上机就是求戊烷的最优结果,这个上机参考也许会对你有用吧,你可以试试,先把这个化合物画出来,然后进行优化,最后看看优化的结果

祝好运
2楼2012-05-07 21:28:51
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-08 08:17:06
尝试下,把几种构象的能量算出来,然后比较那个低就是那更稳定
3楼2012-05-08 07:46:02
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-08 08:59:44
可以考虑在ms里面建个模型,用里面的分子力场跑一下

所有的求优势构象的问题,归根结底都是能量最小化。能量最小化和初始状态有关,还和最小化的方法有关。初始结构不同,可能就只找到这个结构附近的最小值,全局最小可能不在这
壁立万仞,无欲则刚
4楼2012-05-08 08:58:17
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