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tsh8167木虫 (小有名气)
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[求助]
怎么读取Siesta输出的Hamiltonian and overlap矩阵(*.HSX文件)？
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| 如题，我想计算体系的Hamiltonian and overlap，按Siesta3.1的手册说明，在输入文件里设置参数SaveHS T 后，得到的 *.HSX文件却是乱码，该如何操作了？ |
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zhangguangping
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首先，我不会使用matlab，不能查看你的结果。再次，即使查看了结果也没什么意义，因为首要的问题是:你的计算方法是不是和atk以及tbtran一样？atk和tbtran他们的方法是一样的，得到相同的结果不足为奇，如果结果不同那就奇怪了。再说这两个软件的根源都是来自一个小组。 所以不用看结果就可以推测出来方法起码不一样。当然，不是说方法不一样，结果就相差甚远。起码你得保正你使用的方法在一定的情况下是和atk的方法能得到相似的结果，第二的保证你的方法得到了正确的代码执行。尤其是后者更加重要，因为在编写代码的时候一个不经意的小错误就会带来结果的千差万别，这个是常见的。 希望你能解决你的问题。 |
14楼2012-07-11 19:23:51
zhangguangping
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【答案】应助回帖
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那个文件是用的unformated格式记录的，机器能读。你要是想看的话，你可以将Src目录m_hsx.F文件中第106行 open( iu, file=fname, form='unformatted', status='unknown' ) 修改为 open( iu, file=fname, form='formatted', status='unknown' ) 输出的文件，你打开就可以看了。 |
2楼2012-05-04 19:03:34
zhangguangping
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3楼2012-05-04 19:08:22
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4楼2012-05-04 20:25:42